Author | Sgorlon, Gabriella | |
Author | Roca, Tárcio P. | |
Author | Passos-Silva, Ana Maisa | |
Author | Queiroz, Jackson A. S. | |
Author | Teixeira, Karolaine S. | |
Author | Araújo, Adrhyan | |
Author | Batista, Flávia S. | |
Author | Souza, Valquiria R. | |
Author | Oliveira, Franciane M. | |
Author | Morello, Luis Gustavo | |
Author | Marchini, Fabrício Klerynton | |
Author | Salcedo, Juan M. V. | |
Author | Rampazzo, Rita de Cassia P. | |
Author | Naveca, Felipe G. | |
Author | Vieira, Deusilene | |
Access date | 2023-10-11T18:45:21Z | |
Available date | 2023-10-11T18:45:21Z | |
Document date | 2023 | |
Citation | SGORLON, Gabriella et al. The emergence of Omicron VOC and its rapid spread and persistence in the Western Amazon. PLoS ONE. v. 18, n. 8, p. 1-11, 2023. | en_US |
ISSN | 1932-6203 | en_US |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60777 | |
Language | por | en_US |
Publisher | Public Library of Science | en_US |
Rights | open access | en_US |
Title | The emergence of Omicron VOC and its rapid spread and persistence in the Western Amazon | en_US |
Type | Article | en_US |
Abstract | Genomic surveillance represents a strategy to understanding the evolutionary mechanisms, transmission, and infectivity of different SARS-CoV-2 variants. We evaluated 603 individuals positive for SARS-CoV-2 from 34 municipalities of Rondoˆnia between December 2021 to December 2022. Nasopharyngeal samples were collected, RNA was extracted and screened using RT-qPCR for VOCs. RNA of the samples were sequenced and further analyzed for phylogeny, mutations, and lineages, totaling 96.19% of samples positive for Omicron VOC in this cohort. We observed that most individuals had at least two doses, however 18.97% were not vaccinated with any dose. 554 sequences were amenable to analysis for alignment and phylogenetic characterization; this group corresponded to the 27 subvariants of the Omicron VOC; a total of 100 mutations were identified, 48% of which were found in the S gene. In conclusion, the data demonstrated the rapid spread and persistence of Omicron VOC in Rondônia during the 12-month study period. Although high frequency of mutations was found in the analyzed samples, there were no individuals with a severe clinical profile, demonstrating that vaccination had a positive effect in those cases. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Agência Estadual de Vigilância em Saúde. Coordenação Estadual do COVID-19. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
Affilliation | Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
Affilliation | Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Virologia. Manaus, AM, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |