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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60777
THE EMERGENCE OF OMICRON VOC AND ITS RAPID SPREAD AND PERSISTENCE IN THE WESTERN AMAZON
Author
Sgorlon, Gabriella
Roca, Tárcio P.
Passos-Silva, Ana Maisa
Queiroz, Jackson A. S.
Teixeira, Karolaine S.
Araújo, Adrhyan
Batista, Flávia S.
Souza, Valquiria R.
Oliveira, Franciane M.
Morello, Luis Gustavo
Marchini, Fabrício Klerynton
Salcedo, Juan M. V.
Rampazzo, Rita de Cassia P.
Naveca, Felipe G.
Vieira, Deusilene
Roca, Tárcio P.
Passos-Silva, Ana Maisa
Queiroz, Jackson A. S.
Teixeira, Karolaine S.
Araújo, Adrhyan
Batista, Flávia S.
Souza, Valquiria R.
Oliveira, Franciane M.
Morello, Luis Gustavo
Marchini, Fabrício Klerynton
Salcedo, Juan M. V.
Rampazzo, Rita de Cassia P.
Naveca, Felipe G.
Vieira, Deusilene
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Agência Estadual de Vigilância em Saúde. Coordenação Estadual do COVID-19. Porto Velho, RO, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Virologia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Agência Estadual de Vigilância em Saúde. Coordenação Estadual do COVID-19. Porto Velho, RO, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Instituto de Biologia Molecular do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Virologia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil. / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical. Porto Velho, RO, Brasil.
Abstract
Genomic surveillance represents a strategy to understanding the evolutionary mechanisms, transmission, and infectivity of different SARS-CoV-2 variants. We evaluated 603 individuals positive for SARS-CoV-2 from 34 municipalities of Rondoˆnia between December 2021 to December 2022. Nasopharyngeal samples were collected, RNA was extracted and screened using RT-qPCR for VOCs. RNA of the samples were sequenced and further analyzed for phylogeny, mutations, and lineages, totaling 96.19% of samples positive for Omicron VOC in this cohort. We observed that most individuals had at least two doses, however 18.97% were not vaccinated with any dose. 554 sequences were amenable to analysis for alignment and phylogenetic characterization; this group corresponded to the 27 subvariants of the Omicron VOC; a total of 100 mutations were identified, 48% of which were found in the S gene. In conclusion, the data demonstrated the rapid spread and persistence of Omicron VOC in Rondônia during the 12-month study period. Although high frequency of mutations was found in the analyzed samples, there were no individuals with a severe clinical profile, demonstrating that vaccination had a positive effect in those cases.
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