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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52621
A POTENTIAL SARS-COV-2 VARIANT OF INTEREST (VOI) HARBORING MUTATION E484K IN THE SPIKE PROTEIN WAS IDENTIFIED WITHIN LINEAGE B.1.1.33 CIRCULATING IN BRAZIL
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47114
Author
Resende, Paola Cristina
Gräf, Tiago
Paixão, Anna Carolina Dias
Appolinario, Luciana
Lopes, Renata Serrano
Mendonça, Ana Carolina da Fonseca
Rocha, Alice Sampaio Barreto da
Motta, Fernando Couto
Neto, Lidio Gonçalves Lima
Khouri, Ricardo
Oliveira, Camila I. de
Muccillo, Pedro Santos
Bezerra, João Felipe
Teixeira, Dalane Loudal Florentino
Riediger, Irina
Debur, Maria do Carmo
Rodrigues, Rodrigo Ribeiro
Leite, Anderson Brandão
Santos, Cliomar Alves do
Gregianini, Tatiana Schäffer
Fernandes, Sandra Bianchini
Bernardes, André Felipe Leal
Cavalcanti, Andrea Cony
Miyajima, Fábio
Sachhi, Claudio
Mattos, Tirza
Costa, Cristiano Fernandes da
Delatorre, Edson
Wallau, Gabriel L.
Naveca, Felipe G.
Bello, Gonzalo
Siqueira, Marilda Mendonça
Gräf, Tiago
Paixão, Anna Carolina Dias
Appolinario, Luciana
Lopes, Renata Serrano
Mendonça, Ana Carolina da Fonseca
Rocha, Alice Sampaio Barreto da
Motta, Fernando Couto
Neto, Lidio Gonçalves Lima
Khouri, Ricardo
Oliveira, Camila I. de
Muccillo, Pedro Santos
Bezerra, João Felipe
Teixeira, Dalane Loudal Florentino
Riediger, Irina
Debur, Maria do Carmo
Rodrigues, Rodrigo Ribeiro
Leite, Anderson Brandão
Santos, Cliomar Alves do
Gregianini, Tatiana Schäffer
Fernandes, Sandra Bianchini
Bernardes, André Felipe Leal
Cavalcanti, Andrea Cony
Miyajima, Fábio
Sachhi, Claudio
Mattos, Tirza
Costa, Cristiano Fernandes da
Delatorre, Edson
Wallau, Gabriel L.
Naveca, Felipe G.
Bello, Gonzalo
Siqueira, Marilda Mendonça
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão. São Luís, MA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Patologia e Biologia Molecular. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal da Paraíba. Escola Técnica de Saúde. Centro de Ciências da Saúde. Laboratório de Vigilância Molecular Aplicada. João Pessoa, PB, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Paraíba. João Pessoa, PB, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo. Vitoria, ES, Brasil / Universidade Federal do Espírito Santo. Núcleo de Doenças Infecciosas. Vitoria, ES, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Alagoas. Maceió, AL, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Sergipe. Aracaju, SE, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Horizonte, MG, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Eusébio, CE, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus. AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Espírito Santo. Departamento de Biologia. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Alegre, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão. São Luís, MA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Patologia e Biologia Molecular. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal da Paraíba. Escola Técnica de Saúde. Centro de Ciências da Saúde. Laboratório de Vigilância Molecular Aplicada. João Pessoa, PB, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Paraíba. João Pessoa, PB, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo. Vitoria, ES, Brasil / Universidade Federal do Espírito Santo. Núcleo de Doenças Infecciosas. Vitoria, ES, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Alagoas. Maceió, AL, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Sergipe. Aracaju, SE, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Horizonte, MG, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Eusébio, CE, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus. AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Espírito Santo. Departamento de Biologia. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Alegre, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Rede de Vigilância Genômica Fiocruz COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemic in Brazil was dominated by two lineages designated as B.1.1.28 and B.1.1.33. The two SARS-CoV-2 variants harboring mutations at the receptor-binding domain of the Spike (S) protein, designated as lineages P.1 and P.2, evolved from lineage B.1.1.28 and are rapidly spreading in Brazil. Lineage P.1 is considered a Variant of Concern (VOC) because of the presence of multiple mutations in the S protein (including K417T, E484K, N501Y), while lineage P.2 only harbors mutation S:E484K and is considered a Variant of Interest (VOI). On the other hand, epidemiologically relevant B.1.1.33 deriving lineages have not been described so far. Here we report the identification of a new SARS-CoV-2 VOI within lineage B.1.1.33 that also harbors mutation S:E484K and was detected in Brazil between November 2020 and February 2021. This VOI displayed four non-synonymous lineage-defining mutations (NSP3:A1711V, NSP6:F36L, S:E484K, and NS7b:E33A) and was designated as lineage N.9. The VOI N.9 probably emerged in August 2020 and has spread across different Brazilian states from the Southeast, South, North, and Northeast regions.
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