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ArtigoDireito Autoral
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Metadata
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INCIPIENT PARALLEL EVOLUTION OF SARS-COV-2 DELTACRON VARIANT IN SOUTH BRAZIL
SARS-CoV-2 genomes
Gene flow
Recombination
Genetic introgression
Adaptive landscape
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
Brazil
Deltacron
Recombinant
AYBA-RS
Autor(es)
Sant'Anna, Fernando Hayashi
Andreis, Tiago Finger
Salvato, Richard Steiner
Varela, Ana Paula Muterle
Comerlato, Juliana
Gregianini, Tatiana Schäffer
Barcellos, Regina Bones
Godinho, Fernanda Marques de Souza
Resende, Paola Cristina
Wallau, Gabriel da Luz
Regina y Castro, Thaís
Casarin, Bruna Campestrini
Vieira, Andressa de Almeida
Schwarzbold, Alexandre Vargas
Trindade, Priscila de Arruda
Giannini, Gabriela Luchiari Tumioto
Freese, Luana
Bristot, Giovana
Brasil, Carolina Serpa
Rocha, Bruna de Oliveira
Martins, Paloma Bortolini
Oliveira, Francine Hehn de
Oosterhout, Cock van
Wendland, Eliana Márcia Da Ros
Andreis, Tiago Finger
Salvato, Richard Steiner
Varela, Ana Paula Muterle
Comerlato, Juliana
Gregianini, Tatiana Schäffer
Barcellos, Regina Bones
Godinho, Fernanda Marques de Souza
Resende, Paola Cristina
Wallau, Gabriel da Luz
Regina y Castro, Thaís
Casarin, Bruna Campestrini
Vieira, Andressa de Almeida
Schwarzbold, Alexandre Vargas
Trindade, Priscila de Arruda
Giannini, Gabriela Luchiari Tumioto
Freese, Luana
Bristot, Giovana
Brasil, Carolina Serpa
Rocha, Bruna de Oliveira
Martins, Paloma Bortolini
Oliveira, Francine Hehn de
Oosterhout, Cock van
Wendland, Eliana Márcia Da Ros
Afiliação
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Laboratório Central de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
University of East Anglia. School of Environmental Sciences. Norwich Research Park. Norwich, UK.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. Departamento de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Laboratório Central de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil.
University of East Anglia. School of Environmental Sciences. Norwich Research Park. Norwich, UK.
Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. Departamento de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil.
Resumo em Inglês
With the coexistence of multiple lineages and increased international travel, recombination and gene flow are likely to become increasingly important in the adaptive evolution of SARS-CoV-2. These processes could result in genetic introgression and the incipient parallel evolution of multiple recombinant lineages. However, identifying recombinant lineages is challenging, and the true extent of recombinant evolution in SARS-CoV-2 may be underestimated. This study describes the first SARS-CoV-2 Deltacron recombinant case identified in Brazil. We demonstrate that the recombination breakpoint is at the beginning of the Spike gene. The 50 genome portion (circa 22 kb) resembles the AY.101 (Delta), and the 30 genome portion (circa 8 kb nucleotides) is most similar to the BA.1.1 (Omicron). Furthermore, evolutionary genomic analyses indicate that the new strain emerged after a single recombination event between lineages of diverse geographical locations in December 2021 in South Brazil. This Deltacron, AYBA-RS, is one of the dozens of recombinants described in 2022. The submission of only four sequences in the GISAID database suggests that this lineage had a minor epidemiological impact. However, the recent emergence of this and other Deltacron recombinant lineages (XD, XF, and XS) suggests that gene flow and recombination may play an increasingly important role in the COVID-19 pandemic. We explain the evolutionary and population genetic theory that supports this assertion, concluding that this stresses the need for continued genomic surveillance. This monitoring is vital for countries where multiple variants are present, as well as for countries that receive significant inbound international travel.
Palavras-chave em inglês
COVID-19SARS-CoV-2 genomes
Gene flow
Recombination
Genetic introgression
Adaptive landscape
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
Brazil
Deltacron
Recombinant
AYBA-RS
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