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THE ONGOING COVID-19 EPIDEMIC IN MINAS GERAIS, BRAZIL: INSIGHTS FROM EPIDEMIOLOGICAL DATA AND SARS-COV-2 WHOLE GENOME SEQUENCING
Santos Junior, Joilson Xavier dos et al. | Fecha del documento: 2020
Autor
Santos Junior, Joilson Xavier dos
Giovanetti, Marta
Adelino, Talita Émile Ribeiro
Fonseca, Vagner de Souza
Costa, Alana Vitor Barbosa da
Ribeiro, Adriana Aparecida
Felicio, Katlin Nascimento
Duarte, Clara Guerra
Silva, Marcos Vinicius Ferreira
Abreu, Álvaro Salgado de
Lima, Mauricio Teixeira
Jesus, Ronaldo de
Fabri, Allison de Araujo
Zoboli, Cristiane Franco Soares
Santos, Thales Gutemberg Souza
Iani, Felipe Campos de Melo
Ciccozzi, Massimo
Filippis, Ana Maria Bispo de
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Abreu, André Luiz de
Azevedo, Vasco Ariston de Carvalho
Ramalho, Dario Brock
Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e
Oliveira, Tulio de
Holmes, Edward C.
Lourenço, José
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Oliveira, Marluce Aparecida Assunção
Afiliación
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZuluNatal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Università Campus Bio-Medico. Roma, Italia.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
University of KwaZuluNatal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Resumen en ingles
The recent emergence of a coronavirus (SARS-CoV-2), first identified in the Chinese city of Wuhan in December 2019, has had major public health and economic consequences. Although 61,888 confirmed cases were reported in Brazil by 28 April 2020, little is known about the SARS-CoV-2 epidemic in this country. To better understand the recent epidemic in the second most populous state in southeast Brazil - Minas Gerais (MG) - we sequenced 40 complete SARS-CoV-2 genomes from MG cases and examined epidemiological data from three Brazilian states. Both the genome analyses and the geographical distribution of reported cases indicate for multiple independent introductions into MG. Epidemiological estimates of the reproductive number (R) using different data sources and theoretical assumptions suggest the potential for sustained virus transmission despite a reduction in R from the first reported case to the end of April 2020. The estimated date of SARS-CoV-2 introduction into Brazil was consistent with epidemiological data from the first case of a returned traveller from Lombardy, Italy. These findings highlight the nature of the COVID-19 epidemic in MG and reinforce the need for real-time and continued genomic surveillance strategies to better understand and prepare for the epidemic spread of emerging viral pathogens.
Palabras clave en ingles
SARS-CoV-2
Genomic surveillance
Minas Gerais
Southeast Brazil
Pandemic
Sequencing
Genomic epidemiology
 
DeCS
COVID-19
Editor
Taylor and Francis Group
Referencia
SANTOS JUNIOR, Joilson Xavier dos et al. The ongoing COVID-19 epidemic in Minas Gerais, Brazil: insights from epidemiological data and SARS-CoV-2 whole genome sequencing. Emerging Microbes & Infections, v. 9, p. 1824-1834, 11 Aug. 2020.
Versión posterior
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/43407
DOI
10.1080/22221751.2020.1803146
ISSN
2222-1751
Notas
A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/