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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60204
DETECÇÃO E CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE NOROVÍRUS CIRCULANTES EM MOLUSCOS BIVALVES E HUMANOS NO NORDESTE BRASILEIRO
Norovírus
Reação em cadeia da polimerase em tempo real
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Norovirus
Real-time polymerase chain reaction
Large Scale Nucleotide Sequencing
Norovírus
Reação em cadeia da polimerase em tempo real
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Guarines, Klarissa Miranda | Data do documento:
2020
Título alternativo
Detection and molecular characterization of norovirus in bivalve mollusks and humans in Northeast Brazil.Autor(es)
Orientador
Coorientador
Membros da banca
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Pernambuco, Laboratório de Bioinformática e Biologia Evolutiva, Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Pernambuco, Laboratório Central do Centro de Biociências, Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Pernambuco, Laboratório de Bioinformática e Biologia Evolutiva, Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal de Pernambuco, Laboratório Central do Centro de Biociências, Recife, PE, Brasil.
Resumo
O norovírus (NoV) é o principal agente etiológico de surtos de gastroenterites no mundo.
Estima-se que 15% dos surtos de NoV são causados por alimentos contaminados, dentre os
quais os moluscos bivalves têm especial importância. Trata-se de um vírus geneticamente
diverso e o monitoramento de sua distribuição e variabilidade genética é de extrema
importância. O objetivo desse trabalho foi mapear, de maneira inédita, a distribuição do NoV
nos litorais Paraibano e Pernambucano, além de caracterizar molecularmente as cepas de NoV
circulantes na região. Para isso, foram realizadas coletas de moluscos bivalves na Paraíba (PB)
e em Pernambuco (PE). Para o processamento, os moluscos foram lavados e tiveram a porção
correspondente ao divertículo gástrico pesada e tratada com proteinase K 100µl/ml em igual
volume. Foram coletadas também amostras de fezes de humanos sabidamente acometidos com
NoV. O RNA foi extraído dessas amostras utilizando-se kit comercial e a detecção viral foi
realizada por uma nova RT-qPCR padronizada usando primers específicos. Para
sequenciamento, as amostras foram amplificadas por PCR convencional após transcrição
reversa, utilizando-se iniciadores desenhados nesse estudo. Foram coletados 1880 moluscos,
sendo 1000 mariscos, 560 ostras e 320 sururus. Após processamento e extração, essas amostras
resultaram em 463 RNAs que foram submetidos à RT-qPCR. Todas as amostras foram
negativas. Em relação às amostras de humanos, foram coletadas 21 amostras de pacientes
positivos para NoV, as quais foram sequenciadas usando Sequenciamento de Nova Geração
(NGS) ou Sanger. As características clínicas desses pacientes também foram analisadas. O
genótipo de NoV mais encontrado foi o GII.Pe-GII.4. A ausência do vírus em amostras de
moluscos já foi relatada em outros países. A epidemiologia molecular e os estudos de vigilância
da diversidade genética dos NoV devem continuar para monitorar a emergência e prevalência
de novas cepas e estabelecer os padrões de transmissão.
Resumo em Inglês
Norovirus (NoV) is the main cause of gastroenteritis outbreaks in the world. It is estimated that
15% of NoV outbreaks are caused by contaminated food, of which bivalve mollusks are of
particular important because of their bioaccumulation capacity. NoV is a genetic diverse virus,
and surveillance of its distribution and variability is extremely important .The aim of this work
was to map, for the first time, the distribution of the NoV in the Paraíba (PB) and Pernambuco
(PE) coastal region and carry out the molecular characterization of NoV strains. For this,
bivalve mollusks were collected in PB and PE. For processing, the mollusks were washed and
had the portion corresponding to the gastric diverticulum dissected and weighted and then
treated with 100 μl/ml proteinase K in equal volume. Human samples from patients with
confirmed NoV infection were also collected. RNA from these samples was extracted and NoV
presence was detected by a new RT-qPCR standardized using specific primers. For sequencing,
samples were amplified through conventional PCR after reverse transcription, using primers
designed in this study. From all cities from PB and PE, 1880 mollusks were collected: 1000
shellfish, 560 oysters and 320 mussels. After processing and extraction, these samples resulted
in 463 RNAs that were submitted to RT-qPCR. All samples were negative. From human, 21
positive NoV samples were collected and sequenced by either Next Generation Sequencing
(NGS) or Sanger. Clinical features of the patients were also analyzed. The most prevalent
genotype was GII.Pe-GII.4. The absence of the virus in mollusk samples has been reported in
other countries. Molecular epidemiology and surveillance of NoV genetic diversity should
continue to monitor new strains emergence and prevalence, and also establish transmission
patterns.
Palavras-chave
BivalvesNorovírus
Reação em cadeia da polimerase em tempo real
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Palavras-chave em inglês
BivalvesNorovirus
Real-time polymerase chain reaction
Large Scale Nucleotide Sequencing
DeCS
BivalvesNorovírus
Reação em cadeia da polimerase em tempo real
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
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