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- IOC - Artigos de Periódicos [12642]
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RT-LAMP MULTICENTER STUDY FOR SARS-COV-2 GENOME MOLECULAR DETECTION IN BRAZILIAN SWAB AND SALIVA SAMPLES
Author
Costa, Vanessa Duarte da
Santos, Alanna Calheiros
Silva, Lucas Lima da
Wiggers, Wilian Jean
Ivantes, Claudia Alexandra Pontes
Lima, Danielle Malta
Colares, Jeová Keny Baima
Dallacqua, Deusilene Souza Vieira
Castro, Ana Rita Coimbra Motta
Rivera Dávila, Alberto Martín
Teles, Sheila Araujo
Carneiro, Megmar Aparecida dos Santos
Caetano, Karlla Antonieta Amorim
Anunciação, Fernando Antonio Costa
Paula, Vanessa Salete de
Villar, Livia Melo
Santos, Alanna Calheiros
Silva, Lucas Lima da
Wiggers, Wilian Jean
Ivantes, Claudia Alexandra Pontes
Lima, Danielle Malta
Colares, Jeová Keny Baima
Dallacqua, Deusilene Souza Vieira
Castro, Ana Rita Coimbra Motta
Rivera Dávila, Alberto Martín
Teles, Sheila Araujo
Carneiro, Megmar Aparecida dos Santos
Caetano, Karlla Antonieta Amorim
Anunciação, Fernando Antonio Costa
Paula, Vanessa Salete de
Villar, Livia Melo
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Hospital Nossa Senhora das Graças. Serviço de Gastroenterologia, Hepatologia e Transplante Hepático. Curitiba, PR, Brasil.
Hospital Nossa Senhora das Graças. Serviço de Gastroenterologia, Hepatologia e Transplante Hepático. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas. Fortaleza, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Saúde. Laboratório de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Hospital Getúlio Vargas. Teresina, PI, Brasil / Instituto Natan Portela de Doenças Tropicais. Teresina, PI, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Hospital Nossa Senhora das Graças. Serviço de Gastroenterologia, Hepatologia e Transplante Hepático. Curitiba, PR, Brasil.
Hospital Nossa Senhora das Graças. Serviço de Gastroenterologia, Hepatologia e Transplante Hepático. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas. Fortaleza, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Saúde. Laboratório de Biologia Computacional e de Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Faculdade Federal. Goiânia, GO, Brasil.
Hospital Getúlio Vargas. Teresina, PI, Brasil / Instituto Natan Portela de Doenças Tropicais. Teresina, PI, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Brasileiro de Referência em Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) is a rapid method that can replace RT-qPCR. A simple molecular assay for SARS-CoV-2 RNA detection in gold-standard diagnosis through swabs and alternative specimens such as saliva could be helpful in promoting genomic surveillance. A multicenter study was conducted to evaluate the RT-LAMP assay method as an alternative for the molecular detection of SARS-CoV-2 lineages in swab and saliva samples. A total of 350 swabs from individuals with (n = 276) or without (n = 74) COVID-19 tested by RT-qPCR were collected. Paired saliva was also collected from 90 individuals who had SARS-CoV-2 RNA that was detectable (n = 30) or undetectable (n = 60) via RT-qPCR. For the RT-LAMP methodology, six primers were used for ORF1 gene amplification. As for SARS-CoV-2 genotyping, 39 swabs had the whole genome sequenced by MinION. The sensitivity of RT-LAMP to the swab was 90.2%. For the swab samples with Ct 30, the sensitivity improved by 96%. Considering saliva with Ct 30 in RT-qPCR testing, the RT-LAMP sensitivity was 100%. The RT-LAMP specificity was 100% for both the swab and saliva samples. This RT-LAMP assay was capable of detecting all the SARS-CoV-2 lineages circulating in the Brazilian swab samples. The RT-LAMP method has significant potential for use in clinical routines since it was capable of detecting SARS-CoV-2 RNA in swab and saliva samples.
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