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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/54880
DEVELOPMENT OF NEW POTENTIAL INHIBITORS OF 1 INTEGRINS THROUGH IN SILICO METHODS—SCREENING AND COMPUTATIONAL VALIDATION
VLA-4
Peptidomimetic inhibitors
Molecular docking
Molecular dynamics
Lead optimization
ADMET
MM/PBSA
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Eusébio, CE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Biologia Estrutural e Funcional em Biofármacos. Eusébio, CE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Eusébio, CE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, Brasil.
Resumo em Inglês
Integrins are transmembrane receptors that play a critical role in many biological processes
which can be therapeutically modulated using integrin blockers, such as peptidomimetic ligands. This
work aimed to develop new potential β1 integrin antagonists using modeled receptors based on the
aligned crystallographic structures and docked with three lead compounds (BIO1211, BIO5192, and
TCS2314), widely known as α4β1 antagonists. Lead-compound complex optimization was performed
by keeping intact the carboxylate moiety of the ligand, adding substituents in two other regions of
the molecule to increase the affinity with the target. Additionally, pharmacokinetic predictions were
performed for the ten best ligands generated, with the lowest docking interaction energy obtained
for α4β1 and BIO5192. Results revealed an essential salt bridge between the BIO5192 carboxylate
group and the Mg2+ MIDAS ion of the integrin. We then generated more than 200 new BIO5192
derivatives, some with a greater predicted affinity to α4β1. Furthermore, the significance of retaining
the pyrrolidine core of the ligand and increasing the therapeutic potential of the new compounds
is emphasized. Finally, one novel molecule (1592) was identified as a potential drug candidate,
with appropriate pharmacokinetic profiles, similar dynamic behavior at the integrin interaction site
compared with BIO5192, and a higher predicted affinity to VLA-4.
Palavras-chave em inglês
IntegrinVLA-4
Peptidomimetic inhibitors
Molecular docking
Molecular dynamics
Lead optimization
ADMET
MM/PBSA
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