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COVID-19 EPIDEMIC IN THE BRAZILIAN STATE OF AMAZONAS WAS DRIVEN BY LONG-TERM PERSISTENCE OF ENDEMIC SARS-COV-2 LINEAGES AND THE RECENT EMERGENCE OF THE NEW VARIANT OF CONCERN P.1.
Epidemia
SARS-CoV-2
Variante P.1
Amazonas
Brasil
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
Autor(es)
Naveca, Felipe
Nascimento, Valdinete
Souza, Victor
Corado, André
Nascimento, Fernanda
Silva, George
Costa, Ágatha
Duarte, Débora
Pessoa, Karina
Mejía, Matilde
Brandão, Maria
Jesus, Michele
Gonçalves, Luciana
Costa, Cristiano da
Sampaio, Vanderson
Barros, Daniel
Silva, Marineide
Mattos, Tirza
Pontes, Gemilson
Abdalla, Lígia Fernandes
Santos, João
Arantes, Ighor
Dezordi, Filipe
Siqueira, Marilda
Wallau, Gabriel
Resende, Paola
Delatorre, Edson
Gräff, Tiago
Bello, Gonzalo
Nascimento, Valdinete
Souza, Victor
Corado, André
Nascimento, Fernanda
Silva, George
Costa, Ágatha
Duarte, Débora
Pessoa, Karina
Mejía, Matilde
Brandão, Maria
Jesus, Michele
Gonçalves, Luciana
Costa, Cristiano da
Sampaio, Vanderson
Barros, Daniel
Silva, Marineide
Mattos, Tirza
Pontes, Gemilson
Abdalla, Lígia Fernandes
Santos, João
Arantes, Ighor
Dezordi, Filipe
Siqueira, Marilda
Wallau, Gabriel
Resende, Paola
Delatorre, Edson
Gräff, Tiago
Bello, Gonzalo
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Laboratório Central de Saúde Pública. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Laboratório Central de Saúde Pública. Manaus, AM, Brasil.
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Hospital Adventista de Manaus. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Vitória, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Laboratório Central de Saúde Pública. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Laboratório Central de Saúde Pública. Manaus, AM, Brasil.
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Hospital Adventista de Manaus. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Vitória, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Resumo
Dentre as 27 Unidades Federativas brasileiras, o estado do Amazonas foi uma das mais afetadas pela presente pandemia do novo coronavírus, com a ocorrência de uma segunda onda ao final de 2020 na qual um grande número de casos graves levou a um colapso no sistema de saúde. Este pre-print, resultado da análise do genoma completo de 250 amostras do SARS-CoV-2 coletadas no Amazonas entre março de 2020 e janeiro de 2021, descreve a dinâmica de sucessões de linhagens dominantes no estado. Mais recentemente, ele foi publicado na revista Nature Medicine, após editoração e a revisão por pesquisadores independentes. A publicação apresenta dados que embasam as hipóteses de que a linhagem responsável pela maioria dos casos no primeiro momento da pandemia (entre março e maio de 2020) foi a B.1.195, de que esta foi suplantada pela B.1.1.28, que tornou-se a linhagem dominante no estado entre maio e dezembro de 2020, e de que em dezembro o surgimento de uma variante da B.1.1.28, denominada P.1 e dotada de maior transmissibilidade, foi responsável pela nova ascensão no número de casos e mortes. Desta forma, a dinâmica local de surgimento de novas genéticas virais foi uma importante força-motriz para a forma com a qual a pandemia avançou sobre o estado do Amazonas, influenciada diretamente pela circulação da população e sua relação com o espalhamento do vírus, que culminou com a substituição da B.1.1.28 pela variante de preocupação P.1 em um processo que acredita-se ter durado apenas dois meses.
Resumo em Inglês
The Northern Brazilian state of Amazonas is one of the most heavily affected country regions by the
COVID-19 epidemic and experienced two exponential growing waves in early and late 2020. Through a
genomic epidemiology study based on 250 SARS-CoV-2 genomes from different Amazonas municipalities sampled between March 2020 and January 2021 we revealed that the first exponential
growth phase was driven mostly by the dissemination of lineage B.1.195 which was gradually replaced
by lineage B.1.1.28. The second wave coincides with the emergence of the variant of concern (VOC) P.1
which evolved from a local B.1.1.28 clade in late November and rapidly replaced the parental lineage in
less than two months. Our findings support that successive lineage replacements in Amazonas were
driven by a complex combination of variable levels of social distancing measures and the emergence of
a more transmissible VOC P.1 virus. These data provide unique insights to understanding the
mechanisms that underlie the COVID-19 epidemic waves and the risk of disseminating SARS-CoV-2 VOC P.1 in Brazil and potentially worldwide.
Palavras-chave
COVID-19Epidemia
SARS-CoV-2
Variante P.1
Amazonas
Brasil
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
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