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THE DISTRIBUTION OF CAMPYLOBACTER JEJUNI VIRULENCE GENES IN GENOMES WORLDWIDE DERIVED FROM THE NCBI PATHOGEN DETECTION DATABASE
Campylobacter jejuni
Genomas
Derivados do patógeno NCBI
Banco de dados de detecção
C. jejuni
WGS
flaA
flaB
Author
Affilliation
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Coleção de Campylobacter. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal Fluminense. Faculdade de Veterinária. Niterói, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Coleção de Campylobacter. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Laboratório de Apoio ao Desenvolvimento Tecnológico. Núcleo de Análises de Alimentos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Laboratório de Análise Avançada em Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal Fluminense. Faculdade de Veterinária. Niterói, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza. Instituto de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Campylobacter jejuni (C. jejuni) is responsible for 80% of human campylobacteriosis and is the leading cause of gastroenteritis globally. The relevant public health risks of C. jejuni are caused by particular virulence genes encompassing its virulome. We analyzed 40,371 publicly available genomes of C. jejuni deposited in the NCBI Pathogen Detection Database, combining their epidemiologic metadata with an in silico bioinformatics analysis to increase our current comprehension of their virulome from a global perspective. The collection presented a virulome composed of 126 identified virulence factors that were grouped in three clusters representing the accessory, the softcore, and the essential core genes according to their prevalence within the genomes. The multilocus sequence type distribution in the genomes was also investigated. An unexpected low prevalence of the fulllength flagellin flaA and flaB locus of C. jejuni genomes was revealed, and an essential core virulence gene repertoire prevalent in more than 99.99% of genomes was identified. Altogether, this is a pioneer study regarding Campylobacter jejuni that has compiled a significant amount of data about the Multilocus Sequence Type and virulence factors concerning their global prevalence and distribution over this database.
Keywords in Portuguese
Distribuição dos genes de virulênciaCampylobacter jejuni
Genomas
Derivados do patógeno NCBI
Banco de dados de detecção
C. jejuni
WGS
flaA
flaB
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