Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/45890
Tipo
ArtículoDerechos de autor
Acceso abierto
Colecciones
- IOC - Artigos de Periódicos [12642]
Metadatos
Mostrar el registro completo del ítem
GENOMIC SURVEILLANCE OF YELLOW FEVER VIRUS EPIZOOTIC IN SÃO PAULO, BRAZIL, 2016 – 2018
Autor
Hill, Sara C.
Souza, Renato de
Thézé, Julien
Claro, Ingra
Aguiar, Renato S.
Abade, Leandro
Santos, Fabiana C. P.
Cunha, Mariana S.
Nogueira, Juliana S.
Salles, Flavia C. S.
Rocco, Iray M.
Maeda, Adriana Y.
Vasami, Fernanda G. S.
Plessis, Louis du
Silveira, Paola P.
Jesus, Jaqueline G. de
Quick, Joshua
Fernandes, Natália C. C. A
Guerra, Juliana M.
Réssio, Rodrigo A.
Giovanetti, Marta
Alcantara, Luiz C. J.
Cirqueira, Cinthya S.
Dıáz-Delgado, Josué
Macedo, Fernando L. L.
Timenetsky, Maria do Carmo S. T.
Paula, Regiane de
Spinola, Roberta
Deus, Juliana Telles de
Mucci, Luís F.
Tubaki, Rosa Maria
Menezes, Regiane M. T. de
Ramos, Patrícia L.
Abreu, Andre Luiz de
Cruz, Laura N.
Loman, Nick
Dellicou, Simon
Pybu, Olivier G.
Sabino, Ester C.
Faria, Nuno R.
Souza, Renato de
Thézé, Julien
Claro, Ingra
Aguiar, Renato S.
Abade, Leandro
Santos, Fabiana C. P.
Cunha, Mariana S.
Nogueira, Juliana S.
Salles, Flavia C. S.
Rocco, Iray M.
Maeda, Adriana Y.
Vasami, Fernanda G. S.
Plessis, Louis du
Silveira, Paola P.
Jesus, Jaqueline G. de
Quick, Joshua
Fernandes, Natália C. C. A
Guerra, Juliana M.
Réssio, Rodrigo A.
Giovanetti, Marta
Alcantara, Luiz C. J.
Cirqueira, Cinthya S.
Dıáz-Delgado, Josué
Macedo, Fernando L. L.
Timenetsky, Maria do Carmo S. T.
Paula, Regiane de
Spinola, Roberta
Deus, Juliana Telles de
Mucci, Luís F.
Tubaki, Rosa Maria
Menezes, Regiane M. T. de
Ramos, Patrícia L.
Abreu, Andre Luiz de
Cruz, Laura N.
Loman, Nick
Dellicou, Simon
Pybu, Olivier G.
Sabino, Ester C.
Faria, Nuno R.
Afiliación
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom / Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College. Hawkshead, United Kingdom.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom / Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR EPIA., Saint-Genès- Champanelle, France.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Laboratório de Virologia Molecular. Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética. Instituto de Biologia, Rio de Janeiro,RJ, Brasil.
Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética. Instituto de Biologia, Rio de Janeiro,RJ, Brasil.
Institute of Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom,
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Centro de Vigilância Epidemiológica "Prof. Alexandre Vranjac", São Paulo, SP, Brasil,
Centro de Vigilância Epidemiológica "Prof. Alexandre Vranjac", São Paulo, SP, Brasil,
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Parque Zoológico de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde (SVS/MS). Brasília, DF, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Institute of Microbiology and Infection. University of Birmingham. Birmingham, United Kingdom.
Epidemiology Lab (SpELL), Universite´ Libre de Bruxelles / Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom / Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Hawkshead, United Kingdom.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom / Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR EPIA., Saint-Genès- Champanelle, France.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Laboratório de Virologia Molecular. Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética. Instituto de Biologia, Rio de Janeiro,RJ, Brasil.
Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética. Instituto de Biologia, Rio de Janeiro,RJ, Brasil.
Institute of Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom,
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Centro de Vigilância Epidemiológica "Prof. Alexandre Vranjac", São Paulo, SP, Brasil,
Centro de Vigilância Epidemiológica "Prof. Alexandre Vranjac", São Paulo, SP, Brasil,
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Superintendência do Controle de Endemias. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Parque Zoológico de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde (SVS/MS). Brasília, DF, Brasil.
Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Institute of Microbiology and Infection. University of Birmingham. Birmingham, United Kingdom.
Epidemiology Lab (SpELL), Universite´ Libre de Bruxelles / Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom / Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Hawkshead, United Kingdom.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. São Paulo, SP, Brasil.
Department of Zoology, University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Resumen en ingles
São Paulo, a densely inhabited state in southeast Brazil that contains the fourth most populated
city in the world, recently experienced its largest yellow fever virus (YFV) outbreak in
decades. YFV does not normally circulate extensively in São Paulo, so most people were
unvaccinated when the outbreak began. Surveillance in non-human primates (NHPs) is
important for determining the magnitude and geographic extent of an epizootic, thereby
helping to evaluate the risk of YFV spillover to humans. Data from infected NHPs can give
more accurate insights into YFV spread than when using data from human cases alone. To
contextualise human cases, identify epizootic foci and uncover the rate and direction of YFV
spread in São Paulo, we generated and analysed virus genomic data and epizootic case
data from NHPs in São Paulo. We report the occurrence of three spatiotemporally distinct
phases of the outbreak in São Paulo prior to February 2018. We generated 51 new virus
genomes from YFV positive cases identified in 23 different municipalities in São Paulo,
mostly sampled from NHPs between October 2016 and January 2018. Although we observe
substantial heterogeneity in lineage dispersal velocities between phylogenetic branches,
continuous phylogeographic analyses of generated YFV genomes suggest that YFV lineages spread in São Paulo at a mean rate of approximately 1km per day during all phases
of the outbreak. Viral lineages from the first epizootic phase in northern São Paulo subsequently
dispersed towards the south of the state to cause the second and third epizootic
phases there. This alters our understanding of how YFV was introduced into the densely
populated south of São Paulo state. Our results shed light on the sylvatic transmission of
YFV in highly fragmented forested regions in São Paulo state and highlight the importance
of continued surveillance of zoonotic pathogens in sentinel species.
Compartir