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Tipo de documento
Manuais técnicos e ProcedimentosDireito Autoral
Acesso aberto
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NOTA TÉCNICA 2021/01 DE 12 DE JANEIRO DE 2020. REDE GENÔMICA FIOCRUZ: RELAÇÃO FILOGENÉTICA DE SEQUÊNCIAS SARS-COV-2 DO AMAZONAS COM VARIANTES EMERGENTES BRASILEIRAS QUE ABRIGAM MUTAÇÕES E484K E N501Y NA PROTEÍNA SPIKE
COVID-19
Relação filogenética
SARS-CoV-2
Sequências
Mutação E484K
Mutação N501Y
Proteína Spike
Documentos institucionais
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane | Data do documento:
2020
Colaborador(es)
Naveca, Felipe
Nascimento, Valdinete
Souza, Victor
Corado, André
Nascimento, Fernanda
Silva, George
Costa, Ágatha
Duarte, Débora
Pessoa, Karina
Gonçalves, Luciana
Brandão, Maria Júlia
Jesus, Michele
Fernandes, Cristiano
Pinto, Rosemary
Silva, Marineide
Mattos, Tirza Peixoto
Wallau, Gabriel Luz
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Resende, Paola Cristina
Delatorre, Edson
Gräf, Tiago
Bello, Gonzalo
Nascimento, Valdinete
Souza, Victor
Corado, André
Nascimento, Fernanda
Silva, George
Costa, Ágatha
Duarte, Débora
Pessoa, Karina
Gonçalves, Luciana
Brandão, Maria Júlia
Jesus, Michele
Fernandes, Cristiano
Pinto, Rosemary
Silva, Marineide
Mattos, Tirza Peixoto
Wallau, Gabriel Luz
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Resende, Paola Cristina
Delatorre, Edson
Gräf, Tiago
Bello, Gonzalo
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Diversidade Microbiana da Amazônia com Importância para a Saúde. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Departamento de Biologia. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Diversidade Microbiana da Amazônia com Importância para a Saúde. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Departamento de Biologia. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Resumo
Relatamos uma análise genômica preliminar da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.28 que circula na região amazônica brasileira e sua relação evolutiva com variantes emergentes e potenciais variantes emergentes do SARS-CoV-2 no Brasil que abrigam mutações no domínio de ligação com receptor da proteína Spike (S). A análise filogenética de 69 genomas da linhagem B.1.1.28 isoladas no estado do Amazonas revelou a existência de dois clados principais que evoluíram localmente sem mutações incomuns na proteína S de abril a novembro de 2020. Os vírus B.1.1.28 abrigando mutações S: K417N, S: E484K e S: N501Y, recentemente detectados em viajantes japoneses retornando do Amazonas, ramificados dentro de um dos clados B.1.1.28 da Amazônia aqui identificados, sugerem que essas sequências poderiam ser representantes de um novo clado brasileiro emergente (não relatado), aqui designado B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y). Nossa análise também confirma que o novo clado putativo B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y) detectado em viajantes japoneses não evoluiu do clado B.1.1.28 (E484K) detectado recentemente no Rio de Janeiro e em outros estados brasileiros, mas ambas as variantes surgiram independentemente durante a evolução da linhagem B.1.1.28.
Palavras-chave
Nota técnicaCOVID-19
Relação filogenética
SARS-CoV-2
Sequências
Mutação E484K
Mutação N501Y
Proteína Spike
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