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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37958
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PreprintDireito Autoral
Acesso aberto
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- BA - IGM - Preprint [89]
Metadata
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LEVERAGING USER-FRIENDLY NETWORK APPROACHES TO EXTRACT KNOWLEDGE FROM HIGH-THROUGHPUT OMICS DATASETS
Gráfico
Network sequenciamento de alto rendimento
Análise de rede
Ômicas
Proteína- proteína interação
Redes reguladoras
Biologia de sistemas
Graph
High-throughput sequencing
Network analysis
Omics
Proteinprotein
Regulatory networks
Systems biology
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Federal University of Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Laboratório de Genética Molecular e Biotecnologia Vegetal. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.
Fundação José Silveira. Multinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research. Salvador, BA, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Federal University of Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Laboratório de Genética Molecular e Biotecnologia Vegetal. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.
Fundação José Silveira. Multinational Organization Network Sponsoring Translational and Epidemiological Research. Salvador, BA, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.
Resumo em Inglês
Recent technological advances for the acquisition of multi-omics data have allowed an unprecedented understanding of the complex intricacies of biological systems. In parallel, a myriad of computational analysis techniques and bioinformatics tools have been developed, with many efforts directed towards the creation and interpretation of networks from this data. In this review, we begin by examining key network concepts and terminology. Then, computational tools that allow for their construction and analysis from high-throughput omics datasets are presented. We focus on the study of functional relationships such as co-expression, protein-protein interactions, and regulatory interactions that are particularly amenable to modeling using the framework of networks. We envisage that many potential users of these analytical strategies may not be completely literate in programming languages and code adaptation, and for this reason, emphasis is given to tools' user-friendliness, including plugins for the widely adopted Cytoscape software, an open-source, cross-platform tool for network analysis, visualization, and data integration.
Palavras-chave
Redes de correlaçãoGráfico
Network sequenciamento de alto rendimento
Análise de rede
Ômicas
Proteína- proteína interação
Redes reguladoras
Biologia de sistemas
Palavras-chave em inglês
CorrelationGraph
High-throughput sequencing
Network analysis
Omics
Proteinprotein
Regulatory networks
Systems biology
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