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FINDTARGETSWEB: A USER-FRIENDLY TOOL FOR IDENTIFICATION OF POTENTIAL THERAPEUTIC TARGETS IN METABOLIC NETWORKS OF BACTERIA
Análise de Balanço de Fluxo
Rede Metabólica
Análise COBRA
Python (linguagem de programação)
Flux balance analysis
Metabolic network
COBRA analysis
Python (programming language)
Autor
Afiliación
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia para Saúde e Medicina Investigativa. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Bioquímica Experimental e Computacional de Fármacos. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia para Saúde e Medicina Investigativa. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Bioquímica Experimental e Computacional de Fármacos. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Resumen en ingles
Healthcare-associated infections (HAIs) are a serious public health problem. They can be associated with morbidity and mortality and are responsible for the increase in patient hospitalization. Antimicrobial resistance among pathogens causing HAI has increased at alarming levels. In this paper, a robust method for analyzing genome-scale metabolic networks of bacteria is proposed in order to identify potential therapeutic
targets, along with its corresponding web implementation, dubbed FindTargetsWEB. The proposed method assumes that every metabolic network presents fragile genes whose blockade will impair one or more metabolic functions, such as biomass accumulation. FindTargetsWEB automates the process of identification of such fragile genes using flux balance analysis (FBA), flux variability analysis (FVA), extended Systems
Biology Markup Language (SBML) file parsing, and queries to three public repositories, i.e., KEGG, UniProt, and DrugBank. The web application was developed in Python using COBRApy and Django.
Palabras clave en portugues
Biologia de sistemasAnálise de Balanço de Fluxo
Rede Metabólica
Análise COBRA
Python (linguagem de programação)
Palabras clave en ingles
Systems biologyFlux balance analysis
Metabolic network
COBRA analysis
Python (programming language)
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