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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/29093
Tipo
ArtículoDerechos de autor
Acceso restringido
Fecha del embargo
2030-01-01
Colecciones
- IOC - Artigos de Periódicos [12642]
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XPLEX: AN EFFECTIVE, MULTIPLEX CROSS-LINKING CHEMISTRY FOR ACIDIC RESIDUES
Autor
Afiliación
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Institut Pasteur. Mass Spectometry for Biology Unit. Paris, France.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa sobre o Timo. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Institut Pasteur. Mass Spectometry for Biology Unit. Paris, France.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa sobre o Timo. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade de Campinas. Instituto de Química. Campinas, SP, Brasil.
Resumen en ingles
Cross-linking/Mass spectrometry (XLMS) is a consolidated technique for structural characterization of proteins and protein complexes. Despite its success, the cross-linking chemistry currently used is mostly based on N-hydroxysuccinimide (NHS) esters, which react primarily with lysine residues. One way to expand the current applicability of XLMS into several new areas is to increase the number of cross-links obtainable for a target protein. We introduce a multiplex chemistry (denoted XPlex) that targets Asp, Glu, Lys, and Ser residues. XPlex can generate significantly more cross-links with reactions occurring at lower temperatures and enables targeting proteins that are not possible with NHS ester-based cross-linkers. We demonstrate the effectiveness of our approach in model proteins as well as a target Lys-poor protein, SalBIII. Identification of XPlex spectra requires a search engine capable of simultaneously considering multiple cross-linkers on the same run; to achieve this, we updated the SIM-XL search algorithm with a search mode tailored toward XPlex. In summary, we present a complete chemistry/computational solution for significantly increasing the number of possible distance constraints by mass spectrometry experiments, and thus, we are convinced that XPlex poses as a real complementary approach for structural proteomics studies.
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