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RE-MAPPING THE MOLECULAR FEATURES OF THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 AND HUMAN T-CELL LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1 BRAZILIAN SEQUENCES USING A BIOINFORMATICS UNIT ESTABLISHED IN SALVADOR, BAHIA, BRAZIL, TO GIVE SUPPORT TO THE VIRAL EPIDEMIOLOGY STUDIES
Human T-cell lymphotropic virus type 1
Bioinformatics
Molecular epidemiology
Virus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1
HIV-1
Sequência de Aminoácidos
Epidemiologia Molecular
Fosforilação
Autor
Afiliación
Fundação para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Fundação para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Fundação para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Fundação para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Resumen en ingles
The analysis of genetic data for human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is essential to improve treatment and public health strategies as well as to select strains for vaccine programs. However, the analysis of large quantities of genetic data requires collaborative efforts in bioinformatics, computer biology, molecular biology, evolution, and medical science. The objective of this study was to review and improve the molecular epidemiology of HIV-1 and HTLV-1 viruses isolated in Brazil using bioinformatic tools available in the Laboratório Avançado de Sáude Pública (Lasp) bioinformatics unit. The analysis of HIV-1 isolates confirmed a heterogeneous distribution of the viral genotypes circulating in the country. The Brazilian HIV-1 epidemic is characterized by the presence of multiple subtypes (B, F1, C) and B/F1 recombinant virus while, on the other hand, most of the HTLV-1 sequences were classified as Transcontinental subgroup of the Cosmopolitan subtype. Despite the high variation among HIV-1 subtypes, protein glycosylation and phosphorylation domains were conserved in the pol, gag, and env genes of the Brazilian HIV-1 strains suggesting constraints in the HIV-1 evolution process. As expected, the functional protein sites were highly conservative in the HTLV-1 env gene sequences. Furthermore, the presence of these functional sites in HIV-1 and HTLV-1 strains could help in the development of vaccines that pre-empt the viral escape process
Palabras clave en ingles
Human immunodeficiency virus type 1Human T-cell lymphotropic virus type 1
Bioinformatics
Molecular epidemiology
DeCS
Biologia ComputacionalVirus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1
HIV-1
Sequência de Aminoácidos
Epidemiologia Molecular
Fosforilação
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