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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/2797
MAPPING THE MOLECULAR CHARACTERISTICS OF BRAZILIAN HUMAN T-CELL LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1 ENV (GP46) AND POL AMINO ACID SEQUENCES FOR VACCINE DESIGN
Sequência de Bases
Desenho de Drogas
Mapeamento de Epitopos
Produtos do Gene env
Virus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1
Humanos
Proteínas Oncogênicas de Retroviridae
Vacinas Virais
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação Bahiana para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
South African National Bioinformatics Institute. MRC Pathogen Bioinformatics Unit. UWC, Cape Town, South Africa / Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
South African National Bioinformatics Institute. MRC Pathogen Bioinformatics Unit. UWC, Cape Town, South Africa / Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil / Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública / Fundação para o Desenvolvimento da Ciência. Salvador, BA, Brasil
Fundação Bahiana para o Desenvolvimento das Ciências. Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
South African National Bioinformatics Institute. MRC Pathogen Bioinformatics Unit. UWC, Cape Town, South Africa / Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
South African National Bioinformatics Institute. MRC Pathogen Bioinformatics Unit. UWC, Cape Town, South Africa / Oxford University. Zoology Department. Oxford, United Kingdom
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil / Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública / Fundação para o Desenvolvimento da Ciência. Salvador, BA, Brasil
Resumo em Inglês
This study was carried out to evaluate the molecular pattern of all available Brazilian human T-cell lymphotropic virus type 1 Env (n = 15) and Pol (n = 43) nucleotide sequences via epitope prediction, physicochemical
analysis, and protein potential sites identification, giving support to the Brazilian AIDS vaccine program. In 12 previously described peptides of the Env sequences we found 12 epitopes, while in 4 peptides of the Pol sequences we found 4 epitopes. The total variation on the amino acid composition was 9 and 17% for human leukocyte antigen (HLA) class I and class II Env epitopes, respectively. After analyzing the Pol sequences, results revealed a total amino acid variation of 0.75% for HLA-I and HLA-II epitopes. In 5 of the 12 Env epitopes
the physico-chemical analysis demonstrated that the mutations magnified the antigenicity profile. The potential protein domain analysis of Env sequences showed the loss of a CK-2 phosphorylation site caused by D197N
mutation in one epitope, and a N-glycosylation site caused by S246Y and V247I mutations in another epitope. Besides, the analysis of selection pressure have found 8 positive selected sites (w = 9.59) using the codon-based substitution models and maximum-likelihood methods. These studies underscore the importance of this Env region for the virus fitness, for the host immune response and, therefore, for the development of vaccine candidates.
DeCS
Sequência de AminoácidosSequência de Bases
Desenho de Drogas
Mapeamento de Epitopos
Produtos do Gene env
Virus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1
Humanos
Proteínas Oncogênicas de Retroviridae
Vacinas Virais
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