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ATUALIZAÇÃO E APRIMORAMENTO DO BANCO DE DADOS E DA FERRAMENTA DE GENOTIPAGEM DO HTLV-1 E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS DE TIPAGEM PARA O HTLV E DE GENOTIPAGEM E FILOTIPAGEM PARA O HTLV-1 E HTLV-2
Araújo, Murilo Freire Oliveira | Data do documento:
2016
Autor(es)
Orientador
Coorientador
Membros da banca
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Resumo
INTRODUÇÃO: O gerenciamento e a análise de dados biológicos através de métodos
computacionais modernos necessitam que, em alguns casos, os pesquisadores
submetam seus dados para diversos softwares distintos. A integração entre as
ferramentas de bioinformática pode atenuar a problemática relacionada ao fluxo de
dados biológicos entre várias aplicações diferentes, tornando mais transparente para
o usuário o processo de obtenção de tipos específicos de informação, como a
identificação automática de vírus e seus subtipos. OBJETIVO: Desenvolver
ferramentas de bioinformática para a tipagem, genotipagem e de filotipagem para o
Human T Lymphotropic Virus (HTLV) tipos 1, 2 ,3 e 4. MATERIAL E MÉTODOS:
Primeiro analisou-se e modificou-se a ferramenta REGA Genotype Tool adicionando
suporte para a genotipagem do HTLV tipos 1, 2 3 e 4. A segunda etapa aprimorou o
HTLV-1 Molecular Epidemiology Database, reconstruindo seu banco de dados e as
páginas web da aplicação. Adicionou-se a funcionalidade de login, download
automático de dados e de auditoria e manutenção dos dados. O banco de dados
passou a incluir sequências do HTLV-2, HTLV-3 e HTLV-4. Na terceira etapa, as
ferramentas foram integradas através da construção de um Servlet no REGA
Genotype Tool e de páginas específicas na aplicação de banco de dados capazes de
realizar requisições e recuperar informações acerca das análises filogenéticas.
RESULTADOS: A funcionalidade de genotipagem do HTLV-1 foi migrada para a nova
versão do REGA Genotype Tool e adicionou-se a capacidade de genotipar os demais
tipos do HTLV. Esta ferramenta foi otimizada visando um melhor desempenho e
facilidades na inclusão de novos organismos no futuro. O Banco de Dados Público do
HTLV-1 foi aprimorado: seu esquema foi normalizado e ganhou novas tabelas; As
páginas foram refeitas utilizando padrões modernos de tecnologia web; Foram
acrescidas as funcionalidades de login, download de sequências e auditoria e
manutenção dos dados; E este passou a conter também sequências dos tipos 2, 3 e
4 do HTLV. Ocorreu a integração entre estas duas ferramentas, permitindo que o
resultado de uma genotipagem seja recuperado pelo Banco de Dados e este possa
realizar os tratamentos de arquivos e as consultas necessários para identificação dos
tipos de vírus e seus subtipos. CONCLUSÃO: Foram desenvolvidas ferramentas para
auxílio nos estudos referentes aos quatro tipos do HTLV, tanto em sua análise
filogenética quanto provendo um repositório online de sequências e seus dados
biológicos, geográficos, epidemiológicos e clínicos associados, o que contribuiu para
a celeridade nas pesquisas relacionadas uma vez que o processo de análise dos
dados do HTLV é simplificado através de aplicações confiáveis e otimizadas.
Resumo em Inglês
INTRODUCTION: The management and analysis of biological data using modern
computational methods needs, in some cases, that researchers submit their data to
different software. The integration of bioinformatics tools can alleviate the problem
related to the flow of biological data among several applications, making transparent
to the user the process of obtaining specific types of information, such as the automatic
identification of viruses and their subtypes. OBJECTIVE: Development of
bioinformatics software application for typing, genotyping and phylotyping tools for the
Human T Lymphotropic Virus (HTLV) types 1, 2 ,3 e 4. MATERIAL AND METHODS:
In First, we analyzed and modified the REGA Genotype Tool by adding support for
HTLV types 1, 2, 3 and 4. The second stage enhanced the HTLV-1 Molecular
Epidemiology Database, rebuilding its database and the web pages of the application.
We added the login functionality, automatic data download, audit and maintenance of
data. The database now includes HTLV-2, HTLV-3 and HTLV-4 sequences. In the third
stage, these tools were integrated by building a Servlet in REGA Genotype Tool and
specific pages in the database application capable of performing requests and retrieve
information about the phylogenetic analyzes. RESULTS: Genotyping feature of HTLV-
1 has been migrated to the new version of REGA Genotype Tool and added the ability
to genotype other types of HTLV. This tool has been optimized to provide a better
performance and to facilitate the inclusion of new organisms in the future. The HTLV-
1 Public Database has been improved: its scheme was normalized and gained new
tables; the pages were refactored using modern standards of web technology; we
added login, download sequences and auditing and maintenance of data
functionalities; And it became able to also contain sequences of types 2, 3 and 4 of
HTLV. The integration of these two tools occurred, allowing that the result of
genotyping be recovered by the database and it can perform files treatments and
queries necessary to the identification of the viruses’ types and their subtypes.
CONCLUSION: We developed tools to help in studies related to four types of the
HTLV, both in its phylogenetic analysis as in providing an online repository of
sequences and its respective biological, geographic, epidemiologic and clinical data,
contributing to celerity in researches related, since the process of data analysis of
HTLV were simplified through trustable and optimized applications.
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