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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/25572
Tipo de documento
ArtigoDireito Autoral
Acesso restrito
Data de embargo
2030-01-01
Coleções
- IOC - Artigos de Periódicos [12747]
Metadata
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CAN THE FALSE-DISCOVERY RATE BE MISLEADING?
proteômica de espingarda
identificação de proteínas
chamariz
overfitting
protein identification
false-discovery rate
decoy
Autor(es)
Afiliação
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Resumo em Inglês
The decoy-database approach is currently the gold standard for assessing the confidence of identifications in shotgun proteomic experiments. Here, we demonstrate that what might appear to be a good result under the decoy-database approach for a given false-discovery rate could be, in fact, the product of overfitting. This problem has been overlooked until now and could lead to obtaining boosted identification numbers whose reliability does not correspond to the expected false-discovery rate. To overcome this, we are introducing a modified version of the method, termed a semi-labeled decoy approach, which enables the statistical determination of an overfitted result.
Palavras-chave
taxa de descoberta falsaproteômica de espingarda
identificação de proteínas
chamariz
Palavras-chave em inglês
shotgun proteomicsoverfitting
protein identification
false-discovery rate
decoy
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