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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/25054
Tipo de documento
TeseDireito Autoral
Acesso aberto
Data de embargo
2018-10-05
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ESTUDO DA DIVERSIDADE GENÉTICA DE CEPAS DE LEISHMANIA (VIANNIA) BRAZILIENSIS ISOLADAS EM REGIÕES ENDÊMICAS NO ESTADO DE PERNAMBUCO, NORDESTE DO BRASIL
Leishmaniose cutânea
Leishmania braziliensis/isolamento & purificaçäo
Variação genética
Genoma
Psychodidae/parasitologia
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Reservatórios de Doenças
Aneuploidia
Detecção de Heterozigoto
Filogenia
DNA Mitocondrial
Brasil
Sá, Bruna Santos Lima Figueiredo de | Data do documento:
2017
Título alternativo
Study of the genetic diversity of strains of Leishmania (Viannia) braziliensis isolated in endemic regions to tegumentary leishmaniasis of the Pernambuco State, northeastern BrazilAutor(es)
Orientador
Coorientador
Membros da banca
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Resumo
Os genomas de cepas de Leishmania (Viannia) braziliensis isoladas em áreas de alta
endemicidade para leishmaniose cutânea no nordeste do Brasil, anteriormente caracterizadas
por MLEE em dez (10) zimodemas (Z26, Z27, Z45, Z72, Z73, Z74, Z75, Z78, Z105, Z106)
foram sequenciados e analisados. O sequenciamento foi realizado na plataforma MiSeq /
Illumina e os dados foram comparados contra o genoma da cepa de referência (L. braziliensis
cepa 2904). A anotação da variabilidade encontrada foi feita utilizando o programa snpEFF
v3.6 e o número de cópias para cada cromossomo foi estimado usando o ambiente de
programação R. Uma análise filogenética foi realizada através das sequências de quatro
enzimas metabólicas (ICD, 6PGDH, MPI e G6PDH) e da proteína de choque Hsp70.
Sequências equivalentes de várias espécies de Leishmania do subgênero Viannia foram
incluídas nesta análise. A profundidade média das sequências geradas variou
aproximadamente de 6 a 30 vezes. Os isolados pertencentes aos zimodemas Z72, Z75, Z74 e
Z106 foram distintamente agrupados e separados dos outros. Todos os dez isolados foram
identificados como L. braziliensis, incluindo zimodema Z26, previamente classificado como
Leishmania shawi. As comparações mitocondriais do DNA do minicírculo corroboraram para
as conclusões filogenéticas, enquanto as sequências do maxicírculo conduziram a um perfil
menos definido. Como resultado da análise de aneuploidia, o cromossomo 31 foi encontrado
em três ou mais cópias em todos os isolados e a cepa Z27 apresentou cópias extras para seis
outros cromossomos. Os isolados Z72 e Z75 foram caracterizados por uma heterozigosidade
muito reduzida. Os achados obtidos no estudo são consistentes e demonstram a existência de
pelo menos dois grupos evolutivos distintos na área restrita amostrada, e a grande diversidade
genética da espécie L. braziliensis. Esses resultados sugerem a importância das características
eco-epidemiológicas de onde essas cepas foram isoladas, as quais apresentam ciclo com
transmissão peri doméstica e interface com ciclo enzoótico silvestre em remanescentes de
Mata Atlântica primária.
Resumo em Inglês
The genomes of Leishmania (Viannia) braziliensis strains isolated in areas of high endemicity
for cutaneous leishmaniasis in northeastern Brazil, previously characterized by MLEE in ten
(10) zymodemes (Z26, Z27, Z45, Z72, Z73, Z74, Z75, Z78, Z105 , Z106) were sequenced and
analyzed. Sequencing was performed on the MiSeq / Illumina platform and data were
compared against the genome of the reference strain (L. braziliensis strain 2904). The
annotation of the variability found was made using the snpEFF v3.6 program and the number
of copies for each chromosome was estimated using the R programming environment. A
phylogenetic analysis was performed through the sequences of four metabolic enzymes (ICD,
6PGDH, MPI and G6PDH) and the Hsp70 shock protein. Equivalent sequences of several
Leishmania species of the subgenus Viannia were included in this analysis. The mean depth
of the sequences generated ranged from approximately 6 to 30 times. The isolates belonging
to zymodemes Z72, Z75, Z74 and Z106 were distinctly grouped and separated from each
other. All ten isolates were identified as L. braziliensis, including Zymodeme Z26, previously
classified as Leishmania shawi. The mitochondrial DNA comparisons of the mini-circle
corroborated the phylogenetic conclusions, while the maxi- circle sequences led to a less
definite profile. As a result of the analysis of aneuploidy, chromosome 31 was found in three
or more copies in all isolates and strain Z27 presented extra copies to six other chromosomes.
Isolates Z72 and Z75 were characterized by very reduced heterozygosity. The findings
obtained in the study are consistent and demonstrate the existence of at least two distinct
evolutionary groups in the restricted area sampled, and the great genetic diversity of the L.
braziliensis species. These results suggest the importance of the eco-epidemiological
characteristics from which these strains were isolated, which present a cycle with
peridomestic transmission and interface with wild enzootic cycle in remnants of primary
Atlantic Forest.
DeCS
Leishmania braziliensis/genéticaLeishmaniose cutânea
Leishmania braziliensis/isolamento & purificaçäo
Variação genética
Genoma
Psychodidae/parasitologia
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Reservatórios de Doenças
Aneuploidia
Detecção de Heterozigoto
Filogenia
DNA Mitocondrial
Brasil
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