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2030-01-01
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- IOC - Artigos de Periódicos [12642]
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SEARCH ENGINE PROCESSOR: FILTERING AND ORGANIZING PEPTIDE SPECTRUM MATCHES
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Paraná, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Paraná, Brasil
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
University of Missouri. Department of Biochemistry. Columbia, MO, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.l
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Paraná, Brasil
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
University of Missouri. Department of Biochemistry. Columbia, MO, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.l
Abstract
The search engine processor (SEPro) is a tool for filtering, organizing, sharing, and displaying peptide spectrum matches. It employs a novel three-tier Bayesian approach that uses layers of spectrum, peptide, and protein logic to lead the data to converge to a single list of reliable protein identifications. SEPro is integrated into the PatternLab for proteomics environment, where an arsenal of tools for analyzing shotgun proteomic data is provided. By using the semi-labeled decoy approach for benchmarking, we show that SEPro significantly outperforms a commercially available competitor.
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