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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/15921
Tipo de documento
ArtigoDireito Autoral
Acesso restrito
Data de embargo
2030-12-31
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Metadata
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PINPOINTING DIFFERENTIALLY EXPRESSED DOMAINS IN COMPLEX PROTEIN MIXTURES WITH THE CLOUD SERVICE OF PATTERNLAB FOR PROTEOMICS
Bioinformatics
Proteomics
Protein domains
Functional analysis
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto de Química. Laboratório de Regulação da Expressão Gênica em Microrganismos. São Paulo, SP, Brasil.
Center for Genetic Engineering and Biotechnology. Department of Proteomics. Ciudad de la Habana, Cuba / Wellcome Trust Genome Campus. European Bioinformatics Institute. EMBL Outstation, Cambridge, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Systems Engineering and Computer Science Program, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto de Química. Laboratório de Regulação da Expressão Gênica em Microrganismos. São Paulo, SP, Brasil.
Center for Genetic Engineering and Biotechnology. Department of Proteomics. Ciudad de la Habana, Cuba / Wellcome Trust Genome Campus. European Bioinformatics Institute. EMBL Outstation, Cambridge, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Systems Engineering and Computer Science Program, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.
Resumo em Inglês
Mass-spectrometry-based shotgun proteomics has become a widespread technology for analyzing complex protein mixtures. Here we describe a new module integrated into PatternLab for Proteomics that allows the pinpointing of differentially expressed domains. This is accomplished by inferring functional domains through our cloud service, using HMMER3 and Pfam remotely, and then mapping the quantitation values into domains for downstream analysis. In all, spotting which functional domains are changing when comparing biological states serves as a complementary approach to facilitate the understanding of a system's biology. We exemplify the new module's use by reanalyzing a previously published MudPIT dataset of Cryptococcus gattii cultivated under iron-depleted and replete conditions. We show how the differential analysis of functional domains can facilitate the interpretation of proteomic data by providing further valuable insight.
Palavras-chave em inglês
Computational proteomicsBioinformatics
Proteomics
Protein domains
Functional analysis
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