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ZIKA VIRUS IN THE AMERICAS: EARLY EPIDEMIOLOGICAL AND GENETIC FINDINGS
Faria, Nuno Rodrigues et al. | Date Issued: 2016
Author
Faria, Nuno Rodrigues
Azevedo, Raimunda do Socorro da Silva
Kraemer, Moritz U. G.
Souza, Renato
Cunha, Mariana Sequetin
Hill, Sarah C.
Thézé, Julien
Bonsall, Michael B.
Bowden, Thomas A.
Rissanen, Ilona
Rocco, Iray Maria
Nogueira, Juliana Silva
Maeda, Adriana Yurika
Vasami, Fernanda Giseli da Silva
Macedo, Fernando Luiz de Lima
Suzuki, Akemi
Rodrigues, Sueli Guerreiro
Cruz, Ana Cecilia Ribeiro
Nunes, Bruno Tardeli
Medeiros, Daniele Barbosa de Almeida
Rodrigues, Daniela Sueli Guerreiro
Queiroz, Alice Louize Nunes
Silva, Eliana Vieira Pinto da
Henriques, Daniele Freitas
Rosa, Elisabeth Salbe Travassos da
Oliveira, Consuelo Silva de
Martins, Livia Caricio
Vasconcelos, Helena Baldez
Casseb, Livia Medeiros Neves
Simith, Darlene de Brito
Messina, Jane P.
Abade, Leandro
Lourenço, José
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Lima, Maricélia Maia de
Giovanetti, Marta
Hay, Simon I.
Oliveira, Rodrigo Santos de
Lemos, Poliana da Silva
Oliveira, Layanna Freitas de
Lima, Clayton Pereira Silva de
Silva, Sandro Patroca da
Vasconelos, Janaina Mota de
Franco, Luciano
Cardoso, Jedson Ferreira
Vianez-Júnior, João Lídio da Silva Gonçalves
Mir, Daniela
Bello, Gonzalo
Delatorre, Edson
Khan, Kamran
Creatore, Marisa
Coelho, Giovanni Evelim
Oliveira, Wanderson Kleber de
Tesh, Robert
Pybus, Oliver G.
Nunes, Marcio R. T.
Vasconcelos, Pedro F. C.
Affilliation
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.
University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana. Departamento de Saúde. Centro de Pós-Graduação em Saúde Coletiva. Feira de Santana, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Salvador, BA, Brasil.
University of Washington. Institute for Health Metrics and Evaluation,. Seattle, WA, USA / University of Oxford. Wellcome Trust Centre for Human Genetics. Oxford, UK.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Li Ka Shing Knowledge Institute. St. Michael’s Hospital. Toronto, Canada / University of Toronto. Department of Medicine. Division of Infectious Diseases. Toronto, Canada.
University of Toronto.Dalla Lana School of Public Health. Toronto, Canada;
Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Brasil. Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK / Metabiota. San Francisco, CA 94104, USA.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas, Centro de Inovação tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil / University of Texas Medical Branch. Department of Pathology. Galveston, TX, USA.
Ministério da Saúde. Instituto Evandro Chagas. Departamento de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Abstract
Brazil has experienced an unprecedented epidemic of Zika virus (ZIKV), with ~30,000 cases reported to date. ZIKV was first detected in Brazil in May 2015 and cases of microcephaly potentially associated with ZIKV infection were identified in November 2015. Using next generation sequencing we generated seven Brazilian ZIKV genomes, sampled from four self-limited cases, one blood donor, one fatal adult case, and one newborn with microcephaly and congenital malformations. Phylogenetic and molecular clock analyses show a single introduction of ZIKV into the Americas, estimated to have occurred between May-Dec 2013, more than 12 months prior to the detection of ZIKV in Brazil. The estimated date of origin coincides with an increase in air passengers to Brazil from ZIKV endemic areas, and with reported outbreaks in Pacific Islands. ZIKV genomes from Brazil are phylogenetically interspersed with those from other South American and Caribbean countries. Mapping mutations onto existing structural models revealed the context of viral amino acid changes present in the outbreak lineage; however no shared amino acid changes were found among the three currently available virus genomes from microcephaly cases. Municipality-level incidence data indicate that reports of suspected microcephaly in Brazil best correlate with ZIKV incidence around week 17 of pregnancy, although this does not demonstrate causation. Our genetic description and analysis of ZIKV isolates in Brazil provide a baseline for future studies of the evolution and molecular epidemiology in the Americas of this emerging virus.
Keywords in Portuguese
Zika Vírus
Américas
Epidemiologia
Genética
Microcefalia
Malformações congênitas
 
Keywords
Zika Virus
Americas
Epidemiology
Genetics
Mcrocephaly
Congenital malformations.
 
Publisher
American Association for the Advancement of Science
Citation
FARIA, Nuno Rodrigues et al. Zika virus in the Americas: early epidemiological and genetic findings. Science, p. 1-10, 24 Mar. 2016.
DOI
10.1126/science.aaf5036
ISSN
0036-8075