Please use this identifier to cite or link to this item:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/63633
RDJ DETECTION TESTS TO IDENTIFY A UNIQUE MRSA CLONE OF ST105-SCCMECII LINEAGE AND ITS VARIANTS DISSEMINATED IN THE METROPOLITAN REGION OF RIO DE JANEIRO
Rapid test for clonality detection
Biomarker search
Pangenome matrix
Bacterial genomics
Author
Affilliation
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de tecnologia em imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Children’s Hospital of Philadelphia. Philadelphia, PA, United States / University of Pennsylvania. Department of Pediatrics. Philadelphia, PA, United States.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Geral. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Universitário Clementino Chagas Filho. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dasa Medicina Diagnóstica. Duque de Caxias, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Geral. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Children’s Hospital of Philadelphia. Philadelphia, PA, United States / University of Pennsylvania. Department of Pediatrics. Philadelphia, PA, United States.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal Fluminense. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-graduação em Patologia. Niterói, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de tecnologia em imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Children’s Hospital of Philadelphia. Philadelphia, PA, United States / University of Pennsylvania. Department of Pediatrics. Philadelphia, PA, United States.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Geral. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Universitário Clementino Chagas Filho. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dasa Medicina Diagnóstica. Duque de Caxias, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Geral. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Children’s Hospital of Philadelphia. Philadelphia, PA, United States / University of Pennsylvania. Department of Pediatrics. Philadelphia, PA, United States.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Microbiologia Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal Fluminense. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-graduação em Patologia. Niterói, RJ, Brasil.
Abstract
Hospital bloodstream infection (BSI) caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major cause of morbidity and mortality and is frequently related to invasive procedures and medically complex patients. An important feature of MRSA is the clonal structure of its population. Specific MRSA clones may differ in their pathogenic, epidemiological, and antimicrobial resistance profiles. Whole-genome sequencing is currently the most robust and discriminatory technique for tracking hypervirulent/well-adapted MRSA clones. However, it remains an expensive and time-consuming technique that requires specialized personnel. In this work, we describe a pangenome protocol, based on binary matrix (1,0) of open reading frames (ORFs), that can be used to quickly find diagnostic, apomorphic sequence mutations that can serve as biomarkers. We use this technique to create a diagnostic screen for MRSA isolates circulating in the Rio de Janeiro metropolitan area, the RdJ clone, which is prevalent in BSI. The method described here has 100% specificity and sensitivity, eliminating the need to use genomic sequencing for clonal identification. The protocol used is relatively simple and all the steps, formulas and commands used are described in this work, such that this strategy can also be used to identify other MRSA clones and even clones from other bacterial species
Keywords
Emerging MRSARapid test for clonality detection
Biomarker search
Pangenome matrix
Bacterial genomics
Share