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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60838
RAPID DETECTION OF SARS-COV-2 BASED ON THE LAMP ASSAY ASSOCIATED WITH THE CRISPRCAS12A SYSTEM
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Controle de Infecções
Técnicas e Procedimentos Diagnósticos
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil.
Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Hospital São Rafael. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Odontologia. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Hospital São Rafael. Salvador, BA, Brasil.
Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Hospital São Rafael. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Odontologia. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR). Centro de Biotecnologia e Terapia Celular. Salvador, BA, Brasil / Hospital São Rafael. Salvador, BA, Brasil.
Abstract
Background: The global public health system has been severely tested by the COVID-19 pandemic. Mass testing was essential in controlling the transmission of the SARS-CoV-2; however, its implementation has encountered challenges, particularly in low-income countries. The urgent need for rapid and accurate tests for SARS-CoV-2 has proven to be extremely important. Pointof-care tests using the CRISPR system for COVID-19 have shown promise, with a reported high sensitivity and rapid detection. The performance of a CRISPR-based SARS-CoV-2 testing system was reported in this study. Methods: A total of 29 nasopharyngeal samples were evaluated, including 23 samples from individuals suspected of COVID-19, and six samples positive for H3N2 or respiratory syncytial virus. Two reference samples with known concentrations of SARS-CoV-2 RNA (3000 RNA copies/mL) or viral titer determined by plaque assay (105 PFU/mL) were also evaluated. The LAMP technique was employed to amplify the ORF1ab gene and the results were analyzed using a Gemini XPS fluorescence reader. Results: The RT-LAMP-CRISPR/Cas12 assay showed 100% concordance compared to RT-PCR. The RT-PCR presented a detection limit of 0.01 PFU/mL and the CRISPR/Cas12 system showed a limit of 15.6 PFU/mL. The RT-PCR sensitivity was approximately 8 RNA copies/ L and CRISPR/Cas12 at 84 RNA copies/ L. Conclusion: The RT-LAMP-CRISPR/Cas12a assay offered a promising alternative for the detection of SARS-CoV-2 and reinforces that CRISPR-based diagnostic techniques can be an alternative for fast and accurate assays.
DeCS
COVID 19Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Controle de Infecções
Técnicas e Procedimentos Diagnósticos
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