Author
Affilliation
Abstract
The emergence and reemergence of mosquito-borne diseases in Brazil such as yellow fever, zika, chikungunya, and dengue have had serious impacts on public health. Concerns have been raised due to the rapid dissemination of the chikungunya virus across the country since its first detection in 2014 in Northeast Brazil. In this work, we carried out on-site training activities in genomic surveillance in partnership with the National Network of Public Health Laboratories that have led to the generation of 422 chikungunya virus genomes from 12 Brazilian states over the past two years (2021-2022), a period that has seen more than 312 thousand chikungunya fever cases reported in the country. These genomes increased the amount of available data and allowed a more comprehensive characterization of the dispersal dynamics of the chikungunya virus East-Central-South-African lineage in Brazil. Tree branching patterns revealed the emergence and expansion of two distinct subclades. Phylogeographic analysis indicated that the northeast region has been the leading hub of virus spread towards other regions. Increased frequency of C > T transitions among the new genomes suggested that host restriction factors from the immune system such as ADAR and AID/APOBEC deaminases might be driving the genetic diversity of the chikungunya virus in Brazil.
Publisher
Nature
Citation
XAVIER, Joilson et al. Increased interregional virus exchange and nucleotide diversity outline the expansion of chikungunya virus in Brazil. Nature communications, v. 14, n. 1, p. 4413, 2023. doi.org/10.1038/s41467-023-40099-y.
ISSN
2041-1723
Notes
Vagner Fonseca
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brazil.
Carla Oliveira
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Natalia Guimarães
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Talita Adelino
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Mariane Evaristo
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Evandra S Rodrigues
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Elaine Vieira Santos
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Debora de La-Roque
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Laise de Moraes
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.
Adelino Neto
Estado do Piaui. Laboratório Central de Saúde Pública. Teresina, PI Brazil.
Alexander Rosewell
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brazil.
Ana Flavia Mendonça
Estado de Goiás. Laboratório Central de Saúde Pública. Goiânia, GO, Brazil.
Anderson Leite
Estado de Alagoas. Laboratório Central de Saúde Pública. Maceió, AL, Brazil.
Andreza Vasconcelos
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil.
Arabela L Silva de Mello
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Bergson Vasconcelos
Estado da Paraíba. Laboratório Central de Saúde Pública. João Pessoa, PB, Brazil.
Camila A Montalbano
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil
Camila Zanluca
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. SC, PR, Brazil.
Carla Freitas
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasilia, DF, Brazil.
Carlos F C de Albuquerque
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brazil.
Claudia Nunes Duarte Dos Santos
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. SC, PR, Brazil.
Cleiton S Santos
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.
Cliomar Alves Dos Santos
Estado de Sergipe. Laboratório Central de Saúde Pública. Aracaju, SE, Brazil.
Crhistinne C Maymone Gonçalves
Estado Mato Grosso do Sul. Secretaria de Saúde do Estado. Campo Grande, MS, Brasil
Dalane Teixeira
Estado da Paraíba. Laboratório Central de Saúde Pública. João Pessoa, PB, Brazil.
Daniel F L Neto
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasilia, DF, Brazil.
Diego Cabral
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil
Elaine C de Oliveira
Estado do Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brasil
Ethel L Noia Maciel
Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Brasilia, DF, Brazil.
Felicidade Mota Pereira
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Felipe Iani
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fernanda P de Carvalho
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil
Gabriela Andrade
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Gabriela Bezerra
Estado de Sergipe. Laboratório Central de Saúde Pública. Aracaju, SE, Brazil.
Gislene G de Castro Lichs
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS Brazil.
Glauco Carvalho Pereira
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Haline Barroso
Estado da Paraíba. Laboratório Central de Saúde Pública. João Pessoa, PB, Brazil.
Helena Cristina Ferreira Franz
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasilia, DF, Brazil.
Hivylla Ferreira
Estado do Maranhão. Laboratório Central de Saúde Pública. Imperatriz, MA, Brazil.
Iago Gomes
Estado do do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil.
Irina N Riediger
Estado do Paraná. Laboratório Central de Saúde Pública. Londrina, PR, Brazil.
Isabela Rodrigues
Estado de Sergipe. Laboratório Central de Saúde Pública. Aracaju, SE, Brazil.
Isadora C de Siqueira Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.
Jacilane Silva
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil
Jairo Mendez Rico
Pan American Health Organization. Washington, USA.
Jaqueline Lima
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Jayra Abrantes
Estado do do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil.
Jean Phellipe M do Nascimento
Estado de Alagoas. Laboratório Central de Saúde Pública. Maceió, AL, Brazil.
Judith N Wasserheit
Department of Global Health and Medicine. University of Washington. USA.
Julia Pastor
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil.
Jurandy J F de Magalhães
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil/Universidade de Pernambuco Campus Serra Talhada. Serra Talhada, PE, Brasil
Kleber Giovanni Luz
Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brasil
Lidio G Lima Neto
Estado do Maranhão. Laboratório Central de Saúde Pública. Imperatriz, MA, Brazil.
Livia C V Frutuoso
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasilia, DF, Brazil.
Luana Barbosa da Silva
Estado do Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brasil
Ludmila Sena
Estado de Sergipe. Laboratório Central de Saúde Pública. Aracaju, SE, Brazil.
Luis Arthur F de Sousa
Estado do Maranhão. Laboratório Central de Saúde Pública. Imperatriz, MA, Brazil.
Luiz Augusto Pereira
Estado de Goiás. Laboratório Central de Saúde Pública. Goiânia, GO, Brazil.
Luiz Demarchi
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS Brazil.
Magaly C B Câmara
Estado do do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil.
Marcela G Astete
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Maria Almiron
Pan American Health Organization. Washington, USA.
Maricelia Lima
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.
Marina C S Umaki Zardin
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS Brazil.
Mayra M Presibella
Estado do Paraná. Laboratório Central de Saúde Pública. Londrina, PR, Brazil.
Melissa B Falcão
Prefeitura de Feira de Santana. Secretaria de Saúde. Feira de Santana, BA, Brazil.
Michael Gale Jr
Department of Immunology. University of Washington. USA
Naishe Freire
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil.
Nelson Marques
Estado do Paraná. Laboratório Central de Saúde Pública. Londrina, PR, Brazil.
Noely F O de Moura
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasilia, DF, Brazil.
Pedro E Almeida Da Silva
Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Brasilia, DF, Brazil.
Peter Rabinowitz
Department of Environmental and Occupational Health Sciences. University of Washington. USA.
Rivaldo V da Cunha
Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Fundação Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Karen S Trinta
Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Fundação Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Rodrigo F do Carmo Said
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brazil.
Rodrigo Kato
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasilia, DF, Brazil.
Rodrigo Stabeli
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brazil.
Ronaldo de Jesus
Brasil. Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasilia, DF, Brazil.
Roselene Hans Santos
Estado de Pernambuco. Laboratório Central de Saúde Pública. Recife, PE, Brazil
Simone K Haddad
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Svetoslav N Slavov
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil/Center for Research Development. Butantan Institute. São Paulo, SP, Brazil.
Tamires Andrade
Estado da Paraíba. Laboratório Central de Saúde Pública. João Pessoa, PB, Brazil.
Themis Rocha
Estado do do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil.
Thiago Carneiro
Estado da Paraíba. Laboratório Central de Saúde Pública. João Pessoa, PB, Brazil.
Vanessa Nardy
Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil.
Vinicius da Silva
Estado de Goiás. Laboratório Central de Saúde Pública. Goiânia, GO, Brazil.
Walterlene G Carvalho
Estado do Piaui. Laboratório Central de Saúde Pública. Teresina, PI Brazil.
Wesley C Van Voorhis
Department of Medicine. University of Washington. USA.
Wildo N Araujo
Pan American Health Organization. Washington, USA.
Ana M B de Filippis
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
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