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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/46873
GENETIC BASIS OF ANTIMICROBIAL RESISTANT GRAM-NEGATIVE BACTERIA ISOLATED FROM BLOODSTREAM IN BRAZIL
Infecções da corrente sanguínea
Bacilos gram-negativos
Sequenciamento de genoma inteiro
Brasil
Vigilância
Bloodstream infections
Gram-negative bacilli
Whole-genome sequencing
Brazil
Surveillance
Author
Silveira, Melise Chaves
Souza, Cláudio Marcos Rocha de
Santos, Ivson Cassiano de Oliveira
Pontes, Leillane da Silva
Oliveira, Thamirys Rachel Tavares e
Teixeira, Camila Bastos Tavares
Cossatis, Nataly de Almeida
Pereira, Natacha Ferreira
Conceição Neto, Orlando Carlos da
Costa, Bianca Santos
Rodrigues, Daiana Cristina Silva
Albano, Rodolpho Mattos
Silva, Fabrício Alves Barbosa da
Marques, Elizabeth Andrade
Leão, Robson Souza
Carvalho-Assef, Ana Paula D'Alincourt da
Souza, Cláudio Marcos Rocha de
Santos, Ivson Cassiano de Oliveira
Pontes, Leillane da Silva
Oliveira, Thamirys Rachel Tavares e
Teixeira, Camila Bastos Tavares
Cossatis, Nataly de Almeida
Pereira, Natacha Ferreira
Conceição Neto, Orlando Carlos da
Costa, Bianca Santos
Rodrigues, Daiana Cristina Silva
Albano, Rodolpho Mattos
Silva, Fabrício Alves Barbosa da
Marques, Elizabeth Andrade
Leão, Robson Souza
Carvalho-Assef, Ana Paula D'Alincourt da
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia Roberto de Alcântara Gomes. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia Roberto de Alcântara Gomes. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Faculdade de Medicina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Multidrug-resistant microorganisms are a well-known global problem, and gram-negative
bacilli are top-ranking. When these pathogens are associated with bloodstream infections
(BSI), outcomes become even worse. Here we applied whole-genome sequencing to
access information about clonal distribution, resistance mechanism diversity and other
molecular aspects of gram-negative bacilli (GNB) isolated from bloodstream infections
in Brazil. It was possible to highlight international high-risk clones circulating in the
Brazilian territory, such as CC258 for Klebsiella pneumoniae, ST79 for Acinetobacter
baumannii and ST233 for Pseudomonas aeruginosa. Important associations can be
made such as a negative correlation between CRISPR-Cas and K. pneumoniae CC258,
while the genes blaTEM, blaKPC and blaCTX−M are highly associated with this clone.
Specific relationships between A. baumannii clones and blaOXA−51 variants were also
observed. All P. aeruginosa ST233 isolates showed the genes blaVIM and blaOXA486.
In addition, some trends could be identified, where a new P. aeruginosa MDR clone
(ST3079), a novel A. baumannii clonal profile circulating in Brazil (ST848), and important
resistance associations in the form of blaVIM−2 and blaIMP−56 being found together in one
ST233 strain, stand out. Such findings may help to develop approaches to deal with BSI
and even other nosocomial infections caused by these important GNB.
Keywords in Portuguese
Resistência á multidrogasInfecções da corrente sanguínea
Bacilos gram-negativos
Sequenciamento de genoma inteiro
Brasil
Vigilância
Keywords
Multidrug-resistanceBloodstream infections
Gram-negative bacilli
Whole-genome sequencing
Brazil
Surveillance
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