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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/41481
SARS-COV-2 GENOMES RECOVERED BY LONG AMPLICON TILING MULTIPLEX APPROACH USING NANOPORE SEQUENCING AND APPLICABLE TO OTHER SEQUENCING PLATFORMS
Nanopore
GridION
MinION
Illumina
Highpthroughput sequencing
Long reads
Whole genome
SARS-CoV-2
COVID-19
Author
Resende, Paola Cristina
Motta, Fernando Couto
Roy, Sunando
Appolinario, Luciana Reis
Fabri, Allison
Xavier, Joilson
Harris, Kathryn
Matos, Aline Rocha
Caetano, Braulia
Orgeswalska, Maria
Miranda, Milene
Garcia, Cristiana
Abreu, Andre Luiz de
Williams, Rachel
Breuer, Judith
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Motta, Fernando Couto
Roy, Sunando
Appolinario, Luciana Reis
Fabri, Allison
Xavier, Joilson
Harris, Kathryn
Matos, Aline Rocha
Caetano, Braulia
Orgeswalska, Maria
Miranda, Milene
Garcia, Cristiana
Abreu, Andre Luiz de
Williams, Rachel
Breuer, Judith
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / University College of London. United Kingdom / Great Ormond Street Hospital. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University College London. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Entomologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Great Ormond Street Hospital. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Nacional de Laboratórios. Brasília, DF, Brasil.
University College London. United Kingdom / University College London. Pathogen Genomics Unit. United Kingdom.
University College London. United Kingdom / Great Ormond Street Hospital. United Kingdom / Pathogen Genomics Unit. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University College London. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Entomologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Great Ormond Street Hospital. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Nacional de Laboratórios. Brasília, DF, Brasil.
University College London. United Kingdom / University College London. Pathogen Genomics Unit. United Kingdom.
University College London. United Kingdom / Great Ormond Street Hospital. United Kingdom / Pathogen Genomics Unit. United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Genomic surveillance has become a useful tool for better understanding virus pathogenicity, origin and spread. Obtaining accurately assembled, complete viral genomes directly from clinical samples is still a challenging. Here, we describe three protocols using a unique primer set designed to recover long reads of SARS-CoV-2 directly from total RNA extracted from clinical samples. This protocol is useful, accessible and adaptable to laboratories with varying resources and access to distinct sequencing methods: Nanopore, Illumina and/or Sanger.
Keywords
CoronavirusNanopore
GridION
MinION
Illumina
Highpthroughput sequencing
Long reads
Whole genome
SARS-CoV-2
COVID-19
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