Advisor | Alcântara, Luiz Carlos Junior | |
Author | Jesus, Jaqueline Goes de | |
Access date | 2019-10-03T12:12:05Z | |
Available date | 2019-10-03T12:12:05Z | |
Document date | 2019 | |
Citation | JESUS, Jaqueline Goes de. Vigilância genômica em tempo real de arbovírus emergentes e re-emergentes. 2019. 245 f. Tese (Doutorado em Patologia) - Universidade Federal da Bahia; Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2019. | pt_BR |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/36109 | |
Abstract in Portuguese | INTRODUÇÃO: As altas taxas de incidência do vírus Zika (ZIKV), que está associado à síndrome de Guillain-Barré, preocupa os setores de saúde pública. Em adição ao cenário causado pela emergência do CHIKV e ZIKV, o Brasil experimentou um surto excepcional, causado pelo vírus da febre amarela (YFV) entre o final de 2016 e meados de 2017. No contexto nacional, sabe-se que há co- circulação desses arbovírus, que são transmitidos principalmente, pelas mesmas espécies de mosquitos,em áreas urbanizadas, amplamente distribuídos em regiões tropicais e subtropicais. Nas Américas, incluindo assim o Brasil, onde a epidemia causada pelo ZIKV é concorrente às causadas por CHIKV, a rápida identificação do vírus e o conhecimento do genoma tornou-se crucial, para o monitoramento da diversidade viral. OBJETIVO:Dessa forma, objetivamos compreender a origem, os eventos de introdução e dispersão viral, bem como a identificação de cepas ou genótipos com maior potencial epidêmico relacionados aos arbovírus emergentes e re-emergentes. MATERIAIS E MÉTODOS: Aliando técnicas de sequenciamento em tempo real, através de um sequenciador portátil baseado em nanoporos, com análises de bioinformática (utilizando modelos epidemiológicos e filodinâmicos), foi possível gerar um número substancial de novos genomas dos arbovírus ZIKV, YFV e CHIKV. RESULTADOS: Neste trabalho, demonstramos que a epidemia de ZIKV nas Américas se originou de uma única linhagem viral derivada do genótipo Asiático e evidenciamos que o Nordeste do Brasil desempenhou um papel central no estabelecimento e disseminação nas Américas. Além disso, achados relacionados à epidemia de YFV,demonstraram que a maioria dos casos humanos (98,5%) foi relatada em municípios com cobertura de vacinação para YFV acima do limiar preconizado pelo Ministério da Saúde (95%), indicando que a infecção se deu através de indivíduos que residem ou trabalham em áreas florestais onde ocorre a transmissão silvestre. Neste trabalho,foram ainda gerados novos genomas completos do CHIKV isolados de diferentes compartimentos celulares (sangue, saliva e urina). Os novos genomas pertencem ao genótipo ECSA, indicando a persistência da circulação dentro da população de Feira de Santana (FSA). Neste trabalho apresentamos ainda, otimização dos protocolos utilizados para amplificação dos genomas virais, além da utilização do sequenciamento baseado em nanoporos para estudos diretamente do RNA.CONCLUSÃO: Os resultados das análises aqui realizadas, dão suporte às autoridades em saúde pública nas medidas de prevenção em áreas com alto risco da introdução ou incidência prevista de arbovírus emergentes e re-emergentes,corroborando com a necessidade do estabelecimento de uma rede conjunta de laboratórios e pesquisadores para o manejo correto e fornecimento de rápidas respostas ao surgimento de epidemias. | pt_BR |
Sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil
(CAPES). Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Departamento de Vigilância das Doenças Transmissíveis/Ministério da Saúde (DEVIT/MS). | pt_BR |
Language | por | pt_BR |
Publisher | Instituto Gonçalo Moniz | pt_BR |
Rights | open access | pt_BR |
Subject in Portuguese | Vírus da Zika | pt_BR |
Subject in Portuguese | Vírus Chinkungunya | pt_BR |
Subject in Portuguese | Vírus da febre amarela | pt_BR |
Subject in Portuguese | Epidemia | pt_BR |
Subject in Portuguese | Saúde Pública | pt_BR |
Title | Vigilância genômica em tempo real de arbovírus emergentes e re-emergentes | pt_BR |
Type | Thesis | pt_BR |
Defense date | 2019-02-26 | |
Departament | Coordenação de Ensino | pt_BR |
Defense Institution | Universidade Federal da Bahia. Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz | pt_BR |
Place of Defense | Salvador/BA | pt_BR |
Program | Pós-Graduação em Patologia | pt_BR |
Abstract | The high incidence rates of Zika virus (ZIKV), which is associated
with the occurrence of microcephaly in infants and of Chikungunya virus (CHIKV), associated with Guillain-Barré syndrome, pose real issues to the public health sectors. In addition to the scenario caused by the emergence of ZIKV and CHIKV, Brazil has experienced an exceptional outbreak caused by the yellow fever virus (YFV) between late 2016 and middle 2017. In national context, it is known that there is co-circulation of these arboviruses which are mainly transmitted by the same mosquito species in the urbanized regions, widely distributed in tropical and subtropical regions. In regions of the Americas, such as Brazil, where the ZIKV epidemic is competing with those caused by CHIKV, the rapid identification of the virus and knowledge of the genome has become crucial for monitoring viral diversity. AIM: To understand the origin, introduction and viral dispersion events, as well as the identification of strains or genotypes with greater epidemic potential related to emerging and re-emerging arboviruses. METHODS: By combining real-time sequencing techniques with a portable nanopore-based sequencer and bioinformatic analyzes (using epidemiological and phylodynamic models), it was possible to generate a substantial number of new genomes of arboviruses ZIKV, YFV and CHIKV. RESULTS: In this study, we demonstrate that the ZIKV epidemic in the Americas originated from a single viral line derived from the Asian genotype and we have evidenced that the Northeast Brazil played a central role in establishment and dissemination of ZIKV in the Americas. In addition, our findings related to the YFV epidemic show that the majority of human cases (98.5%) were reported in municipalities with YFV vaccination coverage above the threshold preconized by Brazilian Ministry of Health (95%), indicating that the infection occurred through individuals who reside or work in forest areas where wild transmission occurs. We also generated new complete CHIKV genomes isolated from different cell compartments (blood, saliva and urine). We showed that the genomes belong to the ECSA genotype, indicating the persistence of its circulation within the population of Feira de Santana (FSA). In this study, we also presented protocols’ optimizations for amplification of viral genomes, besides the use of nanopore-based sequencing directly from RNA. CONCLUSIONS: These analyzes support public health authorities on epidemic prevention in areas with high risk of introduction or expected incidence. Corroborating with the need to establish a collaborative network of laboratories and researchers to provide rapid responses to the emergence of epidemics, and for their management. | pt_BR |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
Subject | Zika virus | pt_BR |
Subject | Chinkungunya vírus | pt_BR |
Subject | Yellow fever virus | pt_BR |
Subject | Epidemic | pt_BR |
Subject | Public health | pt_BR |
Member of the board | Haddad, Simone Kashima | |
Member of the board | Maia, Zuinara Pereira Gusmão | |
Member of the board | Cerqueira, Erenilde Marques de | |
Member of the board | Fraga, Deborah Bittencourt Mothé | |
Member of the board | Alcântara, Luiz Carlos Junior | |