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- IOC - Artigos de Periódicos [12490]
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INFERRING POPULATION DYNAMICS OF HIV-1 SUBTYPE C EPIDEMICS IN EASTERN AFRICA AND SOUTHERN BRAZIL APPLYING DIFFERENT BAYESIAN PHYLODYNAMICS APPROACHES
Abordagens filodinâmicas bayesianas
Sul do Brasil
África Oriental
dinâmicas populacionais
epidemias
Eastern Africa
Southern Brazil
Bayesian phylodynamic approaches
population dynamics
epidemics
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Feevale. Instituto de Ciências da Saúde. Novo Hamburgo, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Laboratório de Imunologia Aplicada. Florianópolis, SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Feevale. Instituto de Ciências da Saúde. Novo Hamburgo, RS, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Laboratório de Imunologia Aplicada. Florianópolis, SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Abstract
The subtype C Eastern Africa clade (CEA), a particularly successful HIV-1 subtype C lineage, has seeded several sub-epidemics in Eastern African countries and Southern Brazil during the 1960s and 1970s. Here, we characterized the past population dynamics of the major CEA sub-epidemics in Eastern Africa and Brazil by using Bayesian phylodynamic approaches based on coalescent and birth-death models. All phylodynamic models support similar epidemic dynamics and exponential growth rates until roughly the mid-1980s for all the CEA sub-epidemics. Divergent growth patterns, however, were supported afterwards. The Bayesian skygrid coalescent model (BSKG) and the birth-death skyline model (BDSKY) supported longer exponential growth phases than the Bayesian skyline coalescent model (BSKL). The BDSKY model uncovers patterns of a recent decline for the CEA sub-epidemics in Burundi/Rwanda and Tanzania (Re < 1) and a recent growth for Southern Brazil (Re > 1); whereas coalescent models infer an epidemic stabilization. To the contrary, the BSKG model captured a decline of Ethiopian CEA sub-epidemic between the mid-1990s and mid-2000s that was not uncovered by the BDSKY model. These results underscore that the joint use of different phylodynamic approaches may yield complementary insights into the past HIV population dynamics.
Keywords in Portuguese
Subtipo C do HIV-1Abordagens filodinâmicas bayesianas
Sul do Brasil
África Oriental
dinâmicas populacionais
epidemias
Keywords
HIV-1 subtype CEastern Africa
Southern Brazil
Bayesian phylodynamic approaches
population dynamics
epidemics
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