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GENOME-WIDE ANALYSES OF HTLV-1AD STRAINS FROM CAPE VERDE, AFRICA
HTLV-1aD complete genome
HTLV-1aD signatures
Cape Verde
Africa
GC Content
Genome-wide analyses
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade de Cabo Verde., Departamento de Ciência e Tecnologia..Praia, Santiago, Cabo Verde.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade de Cabo Verde., Departamento de Ciência e Tecnologia..Praia, Santiago, Cabo Verde.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
We characterised and reported the first full-length genomes of Human T-cell Lymphotropic Virus Type 1 subgroup HTLV-1aD (CV21 and CV79). This subgroup is one of the major determinants of HTLV-1 infections in North and West Africa, and recombinant strains involving this subgroup have been recently demonstrated. The CV21 and CV79 strains from Cape Verde/Africa were characterised as pure HTLV-1aD genomes, comparative analyses including HTLV-1 subtypes and subgroups revealed HTLV-1aD signatures in the envelope, pol, and pX regions. These genomes provide original information that will contribute to further studies on HTLV-1a epidemiology and evolution.
Keywords
HTLV-1HTLV-1aD complete genome
HTLV-1aD signatures
Cape Verde
Africa
GC Content
Genome-wide analyses
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