Author | Borges, Diogo | |
Author | Perez-Riverol, Yasset | |
Author | Nogueira, Fábio Cesar Sousa | |
Author | Domont, Gilberto B. | |
Author | Noda, Jesus | |
Author | Leprevost, Felipe da Veiga | |
Author | Besada, Vladimir | |
Author | França, Felipe M. G. | |
Author | Barbosa, Valmir Carneiro | |
Author | Sánchez, Aniel | |
Author | Carvalho, Paulo Costa | |
Access date | 2016-09-05T13:59:55Z | |
Available date | 2016-09-05T13:59:55Z | |
Document date | 2013 | |
Citation | BORGES, Diogo et al. Effectively addressing complex proteomic search spaces with peptide spectrum matching. Bioinformatics, v. 29, n. 10, p. 1343-1344, 2013. | pt_BR |
ISSN | 1367-4803 | pt_BR |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/15605 | |
Sponsorship | Fundação de Amparo a Pesquisa do Rio de Janeiro (FAPERJ), Programa de Desenolvimento Tecnológico de Insumos para a Saúde (PDTIS), and Conselho Nacional de Pesquisa (CNPq). | pt_BR |
Language | por | pt_BR |
Rights | open access | pt_BR |
Title | Effectively addressing complex proteomic search spaces with peptide spectrum matching | pt_BR |
Type | Article | pt_BR |
DOI | 10.1093/bioinformatics/btt106 | pt_BR |
Abstract | Protein identification by mass spectrometry is commonly accomplished using a peptide sequence matching search algorithm, whose sensitivity varies inversely with the size of the sequence database and the number of post-translational modifications considered. We present the Spectrum Identification Machine, a peptide sequence matching tool that capitalizes on the high-intensity b1-fragment ion of tandem mass spectra of peptides coupled in solution with phenylisotiocyanate to confidently sequence the first amino acid and ultimately reduce the search space. We demonstrate that in complex search spaces, a gain of some 120% in sensitivity can be achieved. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa em Ciência da Computação e Engenharia de Sistemas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Unidade de Proteômica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Unidade de Proteômica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa em Ciência da Computação e Engenharia de Sistemas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa em Ciência da Computação e Engenharia de Sistemas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil. | pt_BR |
Subject | Protein identification | pt_BR |
Subject | Peptide sequence matching tool | pt_BR |
Subject | Computational Biology | En |
DeCS | Proteínas | pt_BR |
DeCS | Análise de Sequência de Proteína | pt_BR |
DeCS | Biologia Computacional | pt_BR |